A、叶绿体的光反应阶段能产生ATP，线粒体进行有氧呼吸的第二、第三阶段，能产生ATP，A正确；B、线粒体和叶绿体都具有双膜结构，B正确；C、线粒体扩大膜面积的方式是线粒体内膜向内折叠形成嵴，叶绿体类囊体堆叠形成基粒，增加膜面积，B正确；D、线粒体基质和叶绿体基质中进行的化学反应不同，所含酶的种类不同，D错误．故选：D．
