清朝设六部（吏、户、礼、兵、刑、工），各部长官称尚书，副长官称侍郎，以前尚书均由满人担任，顺治元年（1644年）规定尚书及侍郎满、汉各一，但实权依然掌握在满尚书之手。在六部之外和六部并立的中央行政机构有：大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺、国子监、钦天监、翰林院、太医院、理藩院、宗人府、詹事府、内务府、都察院。清朝官员等级分“九品十八级”，每等有正从之别，不在十八级以内的叫做未入流，在级别上附于从九品。
顺治七年（1650年），顺治皇帝对八旗制度进行改革，由自己亲自掌握正黄、镶黄、正白三旗，形成了“上三旗”和“下五旗”，改变了以前八旗由不同王公掌握的局面，同时加强上三旗的实力，满洲议政王大臣会议的权力有所削弱。
康熙十六年（1677年）康熙皇帝设立南书房，起初是康熙帝为了与翰林院词臣们研讨学问，吟诗作画而设。因在乾清宫西南角特辟房舍故名南书房。由于南书房“非崇班贵檩、上所亲信者不得入”，所以它完全是由皇帝严密控制的一个核心机要机构，随时承旨出诏行令，这使南书房“权势日崇”。南书房地位的提高，是康熙帝削弱议政王大臣会议权力，同时将外朝内阁的某些职能移归内廷，实施高度集权的重要步骤。
雍正七年（1729年），清军在西北与准噶尔蒙古激战，为及时处理军报雍正皇帝始设军机房，雍正十年改称军机处。乾隆皇帝即位后服孝，安排数位“总理事务王大臣”进入军机处，故改名总理事务处。乾隆二年（1737年）乾隆服满亲政，总理事务王大臣等自请罢职，恢复军机处名称，自此遂成定制，军机处成为直接对皇帝负责的核心权力机构，满洲议政王大臣会议的地位更被削弱至几乎可忽略不计，政治权力全部掌握在皇帝手中，成为清代中央集权制度的顶峰。直至宣统三年（1911年）四月初十清廷宣布成立“责任内阁”，军机处废止。
清朝并未发生宰相专权、军阀割据、外戚夺权、宦官横行等现象，但各级政府长官离不开胥吏、幕宾。清代一切行政措施都要按律例办理，所以律例即“祖宗成法”。清代律文汗牛充栋，如果引用失误，就是“违例”。清代制度规定，读书人不准过问政治，否则“黜革治罪”，乾隆年间《大清律例》有六类四百三十六条，附例更多达一千四百多条，“一举成名天下知”的新科进士即使有心“治国平天下”，但对于《大清律例》却是无缘一睹的。实际政务其实已经发展成了一项专门知识，仅最基础的部分，就有钱谷征收、事务摊派、水旱灾荒、民变盗寇、上司过境等。一般的胥吏、幕宾却可以在卷宗档案中迅速查找出“有关的律条”，又称“找签”。《清稗类钞》记录晚清官僚郭嵩焘的史论：“汉、唐以来，虽号为君主，然权力实不足，不能不有所分寄。故西汉与宰相、外戚共天下；东汉与太监、名士共天下；唐与后妃、藩镇共天下；北宋与奸臣共天下；南宋与外国共天下；元与奸臣、番僧共天下；明与宰相、太监共天下；本朝则与胥吏共天下耳。”胡林翼就曾感叹：“六部之胥，无疑宰相之柄。”
吏部：六部之首，掌管全国文官的挑选、考察、任免、升降、调动、封勋等事务，其职能相当于现在的中央组织部门。
户部：掌管全国的土地、户籍、货币、各种赋税、财政收支、官员俸禄等事务，其职能相当于现在的农业部、财政部。
礼部：掌管朝廷的重要礼节、主持科举考试、负责接待外宾等，其职能相当于现在的教育部、外交部。
兵部：掌管全国武官的选用，兵籍及士兵的操练，军械的制造、保管，军令的发布等事务。其职能相当于现在的国防部。
刑部：掌管全国的司法事务，其职能相当于现在的司法部。
工部：掌管全国的工程、工匠、屯田、水利、交通等事务。其职能相当于现在的水利部、交通部等。
各部的最高长官是“尚书”，其次是“侍郎”，相当于现在的部长、副部长。
各部长官称尚书，副职称侍郎，下有郎中、员外郎、主事等官职
兵部--兵部尚书，兵部侍郎
刑部--刑部尚书，刑部侍郎
礼部--礼部尚书，礼部侍郎
吏部--吏部尚书，吏部侍郎
户部--户部尚书，户部侍郎
工部--工部尚书，工部侍郎
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