使用有益微生物会杀死有害微生物，同时也肯定会杀死其他有益微生物。
微生物没有智能，不会区分有害和有益微生物，有害和有益是人为定义的，使用有益菌是利用有益菌能够产生次级代谢产物如抗生素，可以杀灭其他微生物，无论是广谱性的抗生素还是窄谱抗生素都是不会只杀有害菌而不杀有益菌，即使是芽孢杆菌，不同的菌株之间都会存在拮抗左右，会打架。
使用有益菌虽然也会杀死有益菌，但是也杀死了有害菌，同时能够生长繁殖占据主导位置后导致有益菌越来越多，有害菌越来越少，这样水产动物就会少得病，提高了水产动物的存活率，总的说来使用有益菌利大于弊。
不同芽孢杆菌之间也存在拮抗左右
有害细菌与有益细菌的定义是相对的，要根据具体养殖物来定，且芽孢杆菌属有很多种菌，每种菌分泌的物质与作用也不尽相同，例如有些可以缓解水中氮磷积累从而预防水体富营养化，有些可以通过分泌抗生素等物质来抑制某些致病微生物。简单来讲就是没有那种菌可以只抑制有害菌种而不影响有益菌种，都是相对而言的，需要去通过实际生产或实验来得出最优配比方案。
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