“将单片机和继电器分开供电”是很好的思路，建议就具体做法做一些试验找到问题所在：
电机采用容量足够大的独立电源供电。
两组电源 互相隔离，不共地
单片机的电源入口和靠近单片机芯片处加电容
暂时停用单片机的看门狗功能
如果有可调门限电源检测复位电路，调整一下复位参数。
供电电压下降导致复位，增加单片机电源输入端的滤波
