A、由于细胞内的各种细胞器密度不一，所以分离细胞中的各种细胞器可以采用差速离心法，A正确；
B、萨顿通过类比基因和染色体的行为，提出基因在染色体上的假说；摩尔根以果蝇为实验材料，采用假说-演绎法证明基因在染色体上，B正确；
C、孟德尔发现遗传定律用了假说演绎法，其基本步骤：提出问题→作出假说→演绎推理→实验验证→得出结论，C正确；
D、肺炎双球菌转化实验没有应用同位素标记法，噬菌体侵染细菌实验应用了同位素标记法，D错误．
故选：D．
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