我也是刚刚开始这方面的试验懂得不多。不知道你做的实验是针对单个细胞的还是针对整个组织的。如果是针对单个细胞，用绝对定量比较精确，但如果你是针对一部分组织定量，那么相对定量反而比较有优势。
对于引物，其实有文献是用大片段产物检测的，效果也很好，（〉400bp）但是我们似乎都是从新设计了模版，这主要是考虑到扩增效率问题，以及退火温度一致的问题，我想如果引物特异性确实比较好，那么你不妨试试。小量的扩增一些，做一个融解曲线，看看是不是单一峰。
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