A、萨顿运用类比推理法提出了基因在染色体上，摩尔根用假说演绎法论证了基因位于染色体上，孟德尔运用假说-演绎法发现了遗传学的第一和第二定律，A错误；
B、科学家一般采用同位素标记法研究光合作用和细胞呼吸的化学反应过程，如：鲁宾和卡门用O18标记水和二氧化碳证明光合作用产生的氧气来自于水；卡尔文追踪光合作用中碳元素的行踪，了解到光合作用中复杂的化学反应；细胞呼吸中产生的水中的氧原子全部来自氧气，与反应物水中的氧原子无关，B正确；
C、沃森和克里克利用的模型法研究了DNA分子双螺旋结构模型，运用演绎推理的方法研究DNA的复制方式，C错误；
D、将S型菌的DNA和DNA酶混合加入含R型菌的培养基中，由于S型细菌的DNA被DNA酶水解，因此培养基中将不能产生S型菌，D错误．
故选：B．
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