在Fate⼀Stay night最后几集里，为啥士郎不许愿让Saber留在人世，而是让她破坏？

根据FSN的设定 saber是个特殊的英灵 她不是死亡后被圣杯吸进去的
而是在死前与世界的根源 阿赖耶识定下契约 从而永远维持在了死前一瞬间的状态 所以她是纯靠自己的力量成为英灵状态的（她不能灵体化就是因此 不是土狼没有魔力 换谁都不能让她灵体化） 约定得到圣杯后完成重新选定王的任务之后 归于阿赖耶识
然后 圣杯在第三次圣杯战争的时候被污染了 里面有世界全部的恶 已经不是万能的许愿机了
而saber与土狼相处的过程中也意识到了 自己的愿望是很虚无的 最后一刻放弃了得到圣杯 决定摧毁圣杯 因此她又回到了死前一刻 放下了一切 让贝狄威尔把圣剑还给湖中精灵
其实以上就是游戏中saber线的设定 最后土狼老死之后 saber和土狼在遥远的理想乡中见面
然后在UBW线结尾 saber靠远坂凛的魔力得以永久现世
在HF线中 saber黑化后被土狼戳死了

圣杯里面盛的是此世之恶，虽然魔力总量可以当做万能的许愿机来用，但是完成愿望的方法却是最邪恶的，好像第四次圣杯战争，士郎他老爸假如许愿世界和平的话，圣杯会把所有人都杀掉，只留下太太和女儿，世界自然就和平了
另外，作为一个男主，用这种力量是他自己和saber都不能接受的

显然，你不知道saber被召唤的条件设定，动漫中应该有提到过的啊
建议你再仔细看一遍。
而且，FSN中saber最后没有被破坏，只是回到了她死前的那一刻。
另外，那把剑本来就是湖之妖精(好像是这么叫）给亚瑟王的。

圣杯不是万能许愿机，而是汇集了世界所有之恶的东西，这已经在动漫里揭示了。
包括圣杯战争也是是个阴谋而已。
还有，你说的和我记忆有点不符合的是，土狼是用最后一个令咒让SABER破坏的，所以令咒全部用光，saber不能留在现代了。
至于誓约胜利之剑的问题，那是因为这把剑本来就是从湖中精灵那里得来的，所以saber想在死了之后把剑还给湖之精灵。

因为圣杯只会带来灾难（不明白去看Fate/Zero最后一集）以士郎和saber的大义是绝对不允许因一己私情而使十年前的悲剧重演，当然如果saber留在了人世，她也依旧是一个死去了的英灵，会变成向吉尔咖美什那样靠吸食人类灵魂而保存肉体。
那是亚瑟王传说中的故事，亚瑟王让自己的部下吧Excalibur还给湖中仙女