交大自动化应该是电院历史最悠久、实力最强的专业吧，06年教育部学科评估全国排第三。cs和ee就在全国高校中的排名来看应该都不如自动化，当然了，交大的这两个学科也是相当的厉害，实力都在全国前五左右。另外说一点，ee好像出国很好。
楼主问的电气工程自动化与自动化不是同一个专业，电气自动化可能在电院这么多专业中实力是稍微弱了一点，但在全国也能排进前十。上海本地人报这个专业还是很好的，因为电力单位一般都只招本地人。
其实，我觉得选专业更应该看个人的兴趣爱好，适合自己的才是最好的，不是吗
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