uc3842做开关电源，变压器输入端电压高于12v后3842占空比很小

你这个电路看不出输出电压是多少，没有说明。变压器的匝数不知道。但不管怎么样，你这里的反馈电路都不正确，输出电压分压后接接第1脚，应该是接在第2脚。也就是说R5与R6的连接点11不应该接在3842的1脚而是接在2脚上。至于R5与R6的阻值应该根据输出电压确定，因为输出电压不知道是多少，所以也不知道是否合适。
看了你的补充，你说的应该是差不多的。你反馈电阻按1M和2.5K选择你是想输出1000V时反馈2.5V，但实际过程中，占空比并非反馈脚达到2.5V时才会减小的呀。要输出反馈和基准2.5V之间有一个差值，一般反馈脚稳定后不会达到2.5V而是差不多在2.3V左右。还有对于基准还是略有差异的。你输入大于12V时输出就高于720V，而且增加的比例很大，60倍，所以应该是输出达到800V或者更高了，脉宽这时很小也正常，因为你是空载，如果带载的话脉宽就会变大了。

本身随着输入电压的上升占空比就会减小，如果你觉得占空比太小，可以把变压器匝比适当加大，注意占空比不能超过0.4
还有你这个吸收我怎么看着怪怪的，没见过这种吸收啊，没有电容应该不能瞬间抑制漏感尖峰的，应该在吸收电容上并一个电容，另外消特基可能也要加吸收
还有一点更加迷惹，你既然做非隔离，那干嘛还用隔离变压器，成本高了，效率低了。如是是要求做隔离的，你的反馈应该用光耦隔离，如果不要求，完全可以用BUCK、或BUCK-BOOST拓朴，成本更低，效率更高。

R5 周边接的不对。