以我的经验，读研期间最终做哪方面的课题，完全取决于你所选择的导师，导师擅长什么、接了什么项目，学生就做什么；专业名称仅仅就是个名称，也就是说常常会出现所做的项目跟自己的专业不是特别搭边的情况。
至于你所说的通信这个专业，确实两个学院都有，其中通信工程的本科专业早些年前就开设在计算机学院了，而电气学院目前本科阶段还没有相关的专业；同样通信专业的硕士点也是计算机开得早，电气到近年才开设，而且招生数比较少。
所以说计算机学院的是通信本专业，而电气学院本来的优势都是在电气自动化（强电）方面，不过现在在电子设计、通信这些弱电方面的研究也渐渐多了起来，才慢慢也开设了这个专业。
当然，到了硕博阶段，学科的划分是非常细的，每个人都只可能着重一个方面；最终还是那句话，选哪个导师决定了自己选择哪个研究方向，所以最有效的做法是把各个导师的相关情况了解详细。
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