用が是最最正式的用法，最最普通的用法。稍微从单词转向成句学习以后您就会接触到这个が平常，平常的无法解释。您提到的几个词我举个例休みがなかったですから。（因为没有休息） 休みじゃなかったから。（因为不是休息）やすみではなったから。（因为不是休息）
因为是休みがある的过去否定形吧，不存在休息=没休息，ある的变形なかった。
