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小兰怀疑柯南的身份的事例很多，但每一次都被柯南瞒过去。具体举例如下：
1、Vol.3 File.7《来路不明的赠礼》～File.10《千钧一发》（总File.26～29）
即对应动画为TV 7《每月一件礼物威胁事件》
柯南看到的小川先生食指前端有类似线状的痕迹，推断他是外科医生，让小兰联想到了新一（“云霄飞车杀人事件”中的表现），接着便密切地观察着柯南，进而又套柯南的话。
柯南请阿笠博士用变声器模拟新一的声音给小兰打电话，柯南同时在小兰家里，使小兰认为柯南与新一是两个人。
2、Vol.4 File.6《倒数十秒钟》～File.7《意外的藏宝图》（总File.36、37）
即TV 5《新干线列车爆炸事件》
柯南为了阻止列车爆炸，想告诉小兰真相。后被小兰追问，柯南辩称自己是假面超人。（TV 版进行了改动，最后由侦探团几人用玩笑话解围）
3、Vol.14 File.1《照片为证》～File.4《落叶缤纷中的质问》（总File.131～134）
即TV 96《走投无路的名侦探！连续两大杀人事件》
柯南睡觉时被小兰摘掉了眼睛，使小兰感到眼熟，同时小兰找到了10年前与新一和魔术师九十九元康的合影，使小兰坚信柯南就是新一，变小的原因是吃了博士发明的怪药。
当小兰把柯南领到新一家门口逼他招供时，新一的妈妈（有希子）出现了，有希子帮柯南撒了谎，说柯南是自己的亲戚，使小兰信以为真。最后有希子的一句：“当时那女孩笑的有些怪异。”，优作的“小看女人的人是要吃亏的！”话，暗示出小兰并不是真的相信柯南≠新一。
4、Vol.21 File.4《最初的招呼》（总File.204）
即TV 162《飞天密室 工藤新一最初的事件》
刚上飞机的柯南就睡着了，小兰为他摘下眼镜，并且看着柯南的脸时笑了，回想起了一年前和新一坐飞机时发生的案件，这也是新一独立解决的第一个案件。
这个细节隐藏比较深，细细品味的话，这时小兰已经怀疑（或者说确定）柯南身份了，看到柯南的脸回忆起新一的事情也就是很自然的了。
Vol.23 File.8《这就是真相》（总File.229）
即TV 174《二十年的杀意 新佛尼号连续杀人事件》
小兰从相处中逐渐发现柯南就是新一，当时在甲板上说的：“不要丢下我一个人……”可以体现出来。（动画中这个画面被淡化了，不过之后经常回忆起）
Vol.25 File.1《不合群？》（总File.243）
即TV 172《复活的死亡讯息（前篇）》
当小兰和园子问柯南会不会滑冰时，柯南假装摔倒，小兰发现异常；案发时，柯南听到园子的尖叫，很快地溜向了案发地点，看着柯南溜冰的模样，兰再次产生了疑惑。
Vol.25 File.9《负伤的侦探团》～Vol.26 File.5《休息片刻》（总File.251～260）
即TV 188～193《危名的复活》系列★
小兰基本发现柯南就是新一。因而不愿与柯南一块洗澡，并且知道柯南血型与自己相同。灰原制造出解药，而自己假扮成柯南，让“柯南”和新一同时出现，打消了小兰的顾虑。
（这次前后跨度较长，包含整个起疑、疑惑加深、基本确定、疑惑解除的过程）
5、Vol.46 File.11《疑惑的邮件》
Vol.47 File.1《疑惑的推理》～File.4《解开锁定》（总File.479～483）
即TV 398～399《奇妙一家的委托》
TV 400《心存疑惑的小兰》
兰发短信给新一，但柯南的手机却在这时响了起来，看着柯南一系列慌张的表情，兰再次怀疑柯南就是新一。
在之前柯南就把博士和自己一样的手机借来把手机链换了，让兰研究博士的手机，然后再用新一的手机打电话给兰（放录音），同时让柯南出现在小兰面前，解决了兰的疑惑。
6、M 3《世纪末的魔术师》
因为柯南说了自己的生日在5月4日，让兰联想到了新一的生日也是5月4日，柯南在洞中救兰时，兰又感觉到了新一，所以怀疑他是新一。
当小兰哭着对柯南说，“你就是新一吧”，柯南准备告诉她真相时，基德装扮成新一的样子出现，为柯南解了围。
7、其余未确定的怀疑：
Vol.66 File.8《附身符夺回大作战》（总File.693）
即TV 573《难为情的护身符的去向（前篇）》
小兰怀疑新一有没有碰过平次的护身符，而碰过的应该是柯南，虽然和叶说平次在什么地方借过新一，不过小兰笑得很诧异的，感觉不相信和叶的解释的。
而且这集中小兰发现自己在潜意识中已经形成柯南一定能发现线索和犯人的印象。因此小兰可能已经开始怀疑柯南的真实身份了。（可能是在为以后的剧情做铺垫）
另外在漫画File.794《遗传信息》中，小兰说道：“DNA鉴定可是很厉害呢！以前通过唾液只能够验出血型，现在一下子就能知道是不是本人了！那么即使是乔装打扮骗过大家眼睛的人，也会立刻被拆穿了呢！”最后一句小兰是看着柯南说的，而且柯南变成豆豆眼，所以很多人都认为这句话有可能成为小兰开始怀疑柯南身份的暗示。
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