红层区风化裂隙水的水质在山地丘陵区普遍较好，水化学类型大多为HCO3-Ca 型、HCO3-Ca·Mg型和HCO3-Na型，矿化度多小于1 g/L，硬度中等，多符合各类生产及生活用水水源的质量要求。但在山间盆地和谷地底部等低洼地带，因水循环交替缓慢，遇到含盐地层，则水质大多变差，多为Cl-Na型或HCO3·SO4-Na·Mg型水，矿化度大于1 g/L，高者大于10 g/L，为微咸水、咸水。构造裂隙水（层间裂隙水、脉状裂隙水）或是溶蚀裂隙孔隙水，一般情况下水质良好，符合各类生产及生活用水水源的质量要求。但含水层中含可溶盐夹层、可溶盐层或者含水层与红层中的含可溶盐夹层、可溶盐层、卤水有水力联系时，地下水水质变化比较复杂。如滇中白垩系上统江底河组三段（K2j3）含石膏、岩盐，溶蚀裂隙发育，有利于地下水聚集，当补给条件好，地下水循环交替较快，排泄通畅时，一般水质较好。但在地下水径流速度缓慢的地段，水中氯化物、硫酸盐严重超标，水质较差。总体而言，红层地下水的水质比其他类型的地下水较为复杂多变。
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