PCR产物是双链线性分子，不存在质粒的三种形态。双酶切后分子形态保持一致，更不会自连。不知道你跑胶的时候是否点了酶切之前的产物做对照，如果没有，可能是胶浓度的问题，导致条带看上去大小不一。
大小差不多是因为分子量一样，酶切后变大（条带变宽？）是因为分子量分散了，但是总量是一样的。
