事业单位实行岗位绩效工资制度。岗位绩效工资由岗位工资、薪级工资、绩效工资和津贴补贴四部分组成，其中岗位工资和薪级工资为基本工资。
事业单位实施绩效工资制度要以促进提高公益服务水平为导向，建立健全绩效考核制度，搞活事业单位内部分配。这是今后事业单位实施绩效工资制度的又一大难点。事业单位属于二次分配，不像企业初次分配那样绩效评估看得见摸得着，相反它是一个比较复杂的体系，评估难度很大。
公益性事业单位个人绩效考核迄今还没有系统的成功经验。要保证事业单位绩效工资的贯彻实施，事业单位必须根据自身的特点，借鉴企业的做法，尽快建立一套适合本单位的绩效考核制度。
公共卫生与基层医疗卫生事业单位实施绩效工资所需经费，由县级财政保障，省级财政统筹，中央财政对中西部及东部部分财力薄弱地区给予适当补助。其他事业单位实施绩效工资所需经费，按单位类型不同，分别由财政和事业单位负担。
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