请问下,我在一个工厂做了3个月.辞职了,老板说要扣我工资,合法吗?

　　用人单位无故克扣劳动者工资的行为是不合法的，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉或者申请劳动仲裁。
　　如果未及时支付工资，有两个途径可以要求支付工资：
　　1、劳动者可以到当地劳动局劳动监察投诉；优点：方式简单。缺点：各地执法力度可能不是很大；
　　2、可以到当地劳动局申请仲裁，要求支付工资。如果未签订劳动合同，还可以要求支付未签订劳动合同的双倍工资。如果是以拖欠工资提出的解除劳动关系，还可以要求支付经济补偿金。优点：除了工资外，还可以主张经济补偿、双倍工资等，并且一般都可以最终解决；缺点：申请劳动仲裁就是打劳动官司，程序稍多，需要专业人士指导。
　　法律依据：各省的工资支付规定。例如：
　　《广东省工资支付条例》第十三条 用人单位与劳动者依法终止或者解除劳动关系的，应当在终止或者解除劳动关系当日结清并一次性支付劳动者工资。
　　《山东省企业工资支付规定》第三十三条　企业与劳动者依法解除、终止劳动合同的，企业应当在解除或者终止劳动合同时一次性支付劳动者应得的工资。

不签订合同的，公司要罚两个月工资

去告他，包你能赢 。别怕事。

老板的做法已经违法，小厂也应遵守劳动合同法啊，
你可以到当地区级政府行政服务中心劳动监察大队监察科去投诉，要求支付你的工资。要求老板支付你从你入职的第二个月起算，支付你2个月的双倍工资。要求老板缴纳社保费；
对补充的回答：
楼主没有找对地方！你要到你现在所在地的区级政府行政服务中心去找监察科，他那里是处理投诉的直接受理人，也就是你要拜访的第一站。
实在不好找，你申请劳动仲裁吧，不服就起诉到法院。

去仲裁或法院告他，保赢