甘肃省第二人民医院始建于1958年。 2004年由兰州铁路局移交甘肃省政府管理。2005年原铁道部第一勘测设计院职工医院划归医院。2006年更名为甘肃省第二人民医院（简称“省二院”）。2009年，甘肃省精神卫生防治中心在医院成立。
