首先要确定A、B两公司都是独立法人单位,即都是子公司,不是分公司。员工从A公司被调至B公司,双方当时均无异议,与A公司的劳动合同视为解除,同时与B公司成立事实劳动关系。现又从B调至A,应当与B解除劳动关系,然后再与A成立劳动关系。员工不同意从B离职的,有权要求B公司给予适当补偿。
劳动合同中有劳动地点的相关条款,按条款执行。如没有,公司违约,可以要求经济补偿。