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医院信息系统所包含的内容纷繁复杂，依其在一个医院的实现先后，大体可以分为以下三个阶段：
1．管理信息系统
管理信息系统一般包括：
门、急诊挂号子系统
门、急诊病人管理及计价收费子系统
住院病人管理子系统
药库、药房管理子系统
病案管理子系统
医疗统计子系统
人事、工资管理子系统
财务管理与医院经济核算子系统
医院后勤物资供应子系统
固定资产、医疗设备管理子系统
院长办公综合查询与辅助决策支持系统
2．临床医疗信息系统
临床医疗信息系统可能包括的内容很多，甚至可能是专科、专病、专课题的信息处理系统，下面给出一些常见系统的例子：
住院病人医嘱处理子系统
护理信息系统
门诊医生工作站系统
临床实验室检查报告子系统
医学影像诊断报告处理系统
放射科信息管理系统
手术室管理子系统
功能检查科室信息管理子系统
病理卡片管理及病理科信息系统
血库管理子系统
营养与膳食计划管理子系统
临床用药咨询与控制子系统
3．医院信息系统的高级应用
医学图象实时传输与查询、归档系统
（PictureArchivingandCommunicationSystem,PACS）
病人床边信息系统
计算机化的病人病案系统（CPR）
科研支持系统
教学支持系统
Internet医学情报系统
远程诊断与教学
[1]
门诊收费管理系统
门诊药房管理系统
住院收费管理系统
住院药房管理系统
药库管理系统
手术室管理系统
财务账目管理系统
病案管理系统
物资设备管理系统
电子病历管理系统
等等。。。。
修订说明
第一章 总则
第二章 数据、数据库、数据字典标准化
临床诊疗部分
第三章 门诊医生工作站分系统功能规范
第四章 住院医生工作站分系统功能规范
第五章 护士工作站分系统功能规范
第六章 临床检验分系统功能规范
第七章 输血管理分系统功能规范
第八章 医学影像分系统功能规范
第九章 手术、麻醉管理系统功能规范
药品管理部分
第十章 药品管理分系统功能规范
经济管理部分
第十一章 门急诊挂号分系统功能规范
第十二章 门急诊划价收费分系统功能规范
第十三章 住院病人入、出、转管理分系统功能规范
第十四章 住院收费分系统功能规范
第十五章 物资管理分系统功能规范
第十六章 设备管理分系统功能规范
第十七章 财务管理分系统与经济核算管理分系统功能规范
综合管理与统计分析部分
第十八章 病案管理分系统功能规范
第十九章 医疗统计分系统功能规范
第二十章 院长综合查询与分析分系统功能规范
第二十一章 病人咨询服务分系统功能规范
外部接口部分
第二十二章 医疗保险接口功能规范
第二十三章 社区卫生服务接口功能规范
第二十四章 远程医疗咨询系统接口功能规范
以上摘自《医院信息系统软件基本功能规范》，具体内容可以参阅该规范
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