《悬崖上的金鱼姬》结局是波妞和宗介在一起了。剧中的金鱼姬本是海里一条活泼爱动的小鱼,但是一次偶然的机会,涨潮的海水把她冲进了一个玻璃瓶中无法脱身,刚好一个人类小男孩来海边度假,碰到了这条小鱼帮她脱离了玻璃瓶,并且把她带回家养了起来,后来金鱼姬和小男孩一起快乐地长大。
救了金鱼姬的小男孩叫宗介。宗介的朋友很少,遇上金鱼姬后每天都会跟金鱼姬一起嬉笑玩闹,两人之间的感情也越来越好。宗介从小就是和母亲相依为命的,因为宗介的父亲常年在海上工作,没人沟通交流的宗介性格本来很孤僻,但是遇到波妞以后,宗介慢慢变得开朗了起来,改变了对生活的消极态度。
可是一次意外中,宗介划伤了自己,而波妞染上了宗介的血,变回了一条小金鱼回到了海中。其实在那片海中还有另外一个世界,那是一个充满魔法的地方,波妞想变回人类的样子好回到宗介的身边,但是藤本却控制着海水的流动,不让波妞回去,无奈之下波妞的姐妹们合力帮她偷取了父亲的魔法。
可是父亲的魔法并不能帮助波妞回到人类世界,最后还是波妞的母亲被宗介感动到了,宗介通过了波妞母亲的测试。母亲同意把波妞变成人类,重新回到宗介的身边。
长大后,宗介 抛弃了波妞,波妞变成气泡消失了