总过滤器灭菌时，一定要保证蒸汽的压力，使用压力一定要在0.3~0.4 MPa之间，灭菌过程中过滤器的表压应在0.15~0.20 MPa左右。中小型过滤器一般保压45~60 min，总过滤器（一级过滤器）保压时间为1.5~2 h。对于新装介质的过滤器，灭菌时间应适当延长一些，一般延长15~20 min。灭菌后要用压缩空气将介质吹干，吹干时间可根据介质的吸水性质和过滤器的规模而定。玻璃纤维吹干时间略短，棉花介质稍长，中小型过滤器吹干时间在1~2 h，大型过滤器可达2~4 h。用压缩空气吹时，气流要适当，太小吹不干，过大容易将介质顶翻，造成空气走短路而带菌。
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