连接被拒绝，说明你密码错误，你在 服务器上用mysql client 登录试试看，然后看看 root这个用户是否允许远程登录。。
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我想跟你说的是，linux 密码正确并不代表 mysql 密码也正确
虽然都同为root，但是，两个root 是不一样的，一个是操作系统的root 一个是mysql的root
不要以为你的mysql安装的时候建立了一个mysql账号，就以为他用的是系统认证，那是很傻的。
第一个问题，回答完。
linux 没装防火墙 ，从你给除的错误提示，已经很明确的说明了这一点，您的软件已经连接到了mysql 只是连接以后，发现密码错误了。。。。所以，提示 您给的错误。。。
第二个问题，完。
我感觉，自动设置和手动设置没有什么实质的关系，只要ip在同一网段，相互能访问，就ok
服务器性能有关，可能是服务器上网站太多，连接过多
有什么提示？
同一时间？是不是哪里设置了时间
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