医院始建于1954年，前身为“北京市大兴县人民医院”1，2001年大兴“撤县改区”医院遂更名为“北京市大兴区人民医院”。2006年成为北京市医保A类医院；同年，区人民政府与首都医科大学签署合作协议加强医院建设，医院成为首都医科大学燕京医学院附属大兴医院，2011年8月更名为首都医科大学大兴教学医院。医院先后被认定为北京市内科、外科、全科住院医师规范化培训基地。同时，积极与三甲医院合作，先后成立北京大学泌尿外科研究所大兴会诊中心、北京天坛医院大兴神经外科协作医院、北京同仁医院大兴眼耳鼻喉会诊中心、北京儿童医院大兴会诊中心、北京积水潭医院大兴会诊中心、北京脑血管病中心大兴分中心、首都医科大学心血管疾病研究所大兴诊治协作中心、北京肿瘤医院大兴会诊中心、大兴区心脏疾病诊疗中心等诊疗中心。
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