从嘉靖三十二年（1553年）开始，到嘉靖四十四年（1565年）结束。
嘉靖三十二年（1553年），戚继光受张居正的推荐，进署都指挥佥事一职，管理登州、文登、即墨三营二十五个卫所，开始防御山东沿海的倭寇。
嘉靖三十四年（1555年），戚继光被调往浙江都司佥事，并担任参将一职，防守宁波、绍兴、台州三郡。
嘉靖四十三年（1564年）二月，倭寇余党纠合一万多人围攻仙游，打了三天，戚继光率兵前往解围，倭寇败走，戚继光率军追击，追至王仓坪，斩首百余级，不少人都坠于悬崖摔死。
余党数千人逃走占据漳浦蔡丕岭。戚继光分五哨（古代军事编制单位）将士攀岩而上，与倭寇短兵相接，连俘带杀一百多人。
剩下的倭寇劫掠渔船逃到海上，而后侵扰福宁，戚继光率领李超等前往将其击败，又乘胜追至永宁，杀死三百多人。
同年，潮州倭寇聚众二万，与海盗吴平互为犄角之势劫掠潮州，俞大猷率兵杀败倭寇，并将吴平招降，让吴平驻扎在梅岭。
但不久之后，吴平纠合被明军击败的流散倭寇一万多人，伙同林道乾、曾一本先后在走马溪、泊浦澳登陆，洗劫南村堡和港口村。
戚继光即刻率军前来围剿，吴平得知后放弃之前据守的梅岭，集合大船一百多艘，逃入南澳，并修筑大寨防御。
靖四十四年（1565年），俞大猷率领水军，戚继光率领步兵，二人合力围剿吴平，吴平破败，孤身逃往凤凰山。
从此倭患终被荡平。戚继光曾为诗：“南北驱驰报主情，江花边月笑平生，一年三百六十日，多是横戈马上行。”
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