A、蓝藻可以进行光合作用，酵母菌不能进行光合作用，但这不是两者在结构上最重要的区别，A错误；B、蓝藻是原核生物，酵母菌是真核生物，原核细胞与真核细胞相比，最重要的区别是原核细胞没有核膜，B正确；C、蓝藻和酵母菌细胞都含有ATP，C错误；D、蓝藻是原核生物，只能进行二分裂生殖，酵母菌能进行出芽生殖，但这不是两者在结构上最重要的区别，D错误．故选：B．
