（1）①分析题图实验一可知，红眼果蝇与白眼果蝇杂交，F1表现红眼，F2红眼与白眼之比是3：1，符合孟德尔遗传的基因分离定律，但实验一F2中眼色的性状表现与性别相关联．
②若控制白眼的基因是隐性基因，且位于X染色体上，Y染色体上没有它的等位基因，则白眼雌果蝇的基因型是XbXb，红眼雄果蝇的基因型是XBY，杂交后代的基因型是
XBXb、XbY雌果蝇全部是红眼，雄果蝇全是白眼，所以表格实验中实验三，F1的雄蝇均为白眼，雌蝇均为红眼支持控制白眼的基因是隐性基因，且位于X染色体上，Y染色体上没有它的等位基因，这一观点．
③实验证明摩尔根的假设是成立的，分析表格实验可知，实验一亲本基因型是XBXB和XbY，F1的基因型是XBXb和XBY，F2的基因型是XBXB、XBXb、XBY、XbY，其中XBXB、XBXb表现为红眼雌性；欲检测实验一中F1红眼雌果蝇眼色的基因组成，可以让F1红眼雌果蝇与白眼雄果蝇杂交．
（2）分析题图联会的染色体片段可知，果蝇翅形的变异属于染色体缺失，属于染色体结构变异；由题意可知，这一变异有纯合致死效应，如果是该变异在常染色体上，那就应该雌雄都有，而与性别无关，如果该变异在X染色体上，则种群中无缺刻翅的雄性果蝇（致死）．
（3）上述果蝇遗传实验说明基因位于染色体上．
故答案应为：
（1）①基因分离 性别
②三 F1的雄蝇均为白眼，雌蝇均为红眼（或“F1中红眼只出现在雌性，白眼只出现在雄性”：“F1的表现型及比例”）
③XBXB或XBXb XbY 白眼（雄性）
（2）结构变异（或“染色体缺失”） X
（3）基因位于染色体上（或“染色体是基因的主要载体”）