李世民二十四功臣当中，秦琼之所以排在最后一位，是因为秦琼的战功相比于其他功臣没有那么显赫，而且秦琼与李世民的关系也没有其他功臣密切。
李世民在封赏功臣的时候，是考虑了很多种情况和因素的，在众多因素当中，这些功臣的战功以及这些功臣和唐太宗的关系是否亲近，这两个方面成为最重要的影响因素，也是唐太宗重点考虑的因素。
第一个方面，李世民在封赏功臣的时候，将战功作为首要的考虑因素。因为，将战功作为考察点，是最不会引起争议的，也是最能够让众人心服口服的。如果因为封赏，让君臣之间产生了缝隙，或者让臣子之间产生了争斗，这是唐太宗不想看到的情况。
所以，在战功这一方面，秦琼的战功，跟其他的功臣相比，没有那么显赫了。既然他的战功跟其他功臣比起来，没有那么突出，所以也就将他排在最后一位了，对于这一点，他本人也是十分清楚的。
第二个方面，李世民在封赏功臣的时候，将君臣之间的关系是否密切，作为重要的考虑因素。因为之后跟帝王关系密切的将领和功臣，才能享有最高优先级的待遇，才能享有最高排名，这是中国古代历朝历代都存在的历史现象。
而功臣的排名的先后就意味着这个功臣与帝王之间的关系的亲密程度。而秦琼在这一点，与其他功臣相比，他跟帝王之间的亲密关系并没有其他功臣那么密切。
考虑到亲密关系这一影响因素，李世民在排名的时候就将秦琼排在了最后一位。而这一点，他本人也是清楚，并且没有二话，没有怨言的。他对自己的现状，也没有不满意的情况。
秦琼被称为神拳太保，是隋唐有名的英雄，同时也是唐太宗李世民最信任的猛将之一。这样一个猛将在凌烟阁排名却在排在最后，这其中是有原因的。
首先凌烟阁封将是指对唐朝有功劳的人。秦琼本来是隋朝的大将，后来被迫降服王世充，但是秦琼却看不起王世充的为人，因此投奔到李世民的帐下。史书记载秦琼有万夫不挡之勇，每次战争他常常冲锋在前，每战必先且每战必胜，为李世民的李唐江山立下了汗马功劳。
唐朝统一以后，许多武官因常年征战，身上有很多创伤，身体已经很不好了，便选择了休生养息，一般情况下不上朝，不大参与朝中的事情。秦琼也是伤病缠身，因此唐朝统一后不再有什么作为。
对于玄武之变，《旧唐书》记载秦琼参加了，可是其他史书当中参加者名单却没有他。个人认为有二种情况，一是他参加了事变，可能他的功劳没有程咬金、李绩等人的功劳大；二是或许并不像隋唐演义里讲的那样，他是为了李世民而投奔李唐。因为，当时皇帝是李渊，而李渊对他恩遇有加，因而他不想也不愿意去做让皇上亲子相互残杀的事情，也或许正因为这个原因，李世明对秦琼的信任是有所保留的。
在玄武门之变以后，虽然凌烟阁封将秦琼排在最后，但是在他去世以后，唐太宗命人在他的墓前，立石人石马以表彰他的生前战功，并陪葬于召陵，这都可见秦琼在唐太宗心目当中的地位是很重要的。
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