A、工厂烟囱冒出的黑烟会污染空气,不符合绿色化学;B、化工厂排出的污水会造成水资源的污染,不符合绿色化学;C、农村大量使用化肥,会造成土壤和水的污染,不符合绿色化学;D、造纸厂用氧气或臭氧漂白纸浆,氧气对环境无污染,而臭氧对环境的影响较小,所以符合化绿色化学.故选D.