《食品流通许可证》和《保健食品经营许可证》是2个不同的证件，所针对的许可项目也是不同的。
前者是《食品安全法》实施后，新设置的食品流通领域的许可证件，是由工商部门负责发放，主要是针对流通环节的预包装食品、定型包装食品及散装食品等等。
后者是药监部门负责发放的，是针对保健食品。保健食品是食品，但却是特殊的食品，这些具有特定功能的食品，国家同样实行许可制度，由药监部门来监管，并发放《保健食品经营许可证》。
如果你的店只销售普通的酒、饮料、茶叶、糕点等普通食品，那么只需要办理《食品流通许可证》就可以。如果同时还经营保健食品，那么还必须到药监部门去办理《保健食品经营许可证》才可以。
药品是指用于预防、治疗、诊断人的疾病，有目的地调节人的生理机能并规定有适应症或者功能主治、用法和用量的物质，包括中药材、中药饮片、中成药、化学原料药及其制剂、抗生素、生化药品、放射性药品、血清、疫苗、血液制品和诊断药品等。
保健食品就是我们通常所说的保健品，适用于特定人群的保健作用。保健品不能代替药品。
保健食品俗称保健品，能调节人体的机能，适用于特定人群食用，但不以治疗疾病为目的。所以在产品的宣传上，也不能出现有效率、成功率、等相关的词语。
药品和保健品的批准文号也有不同：
药品在包装上一定能够看到批准文号：“国药准字H(或Z.S.J.B.F)+8位数字”，它的意思是国家药监局批准生产、上市销售的药品，H字母代表化学药品、Z中成药、S生物制品、 J进口药品国内分包装、B具有辅助治疗作用的药品、 F药用辅料。
如果包装上没有“国药准字”批准文号，肯定不是药品，如果有“国药准字”你登陆国家药监局数据查询，输入药品名称或“国药准字”后面的字母和8数字，查不到的也是假药。
保健品在包装上一定能够看到国家药监局的批准文号：国食健字G(J)+年号+流水号，字母G指国产J指进口。或卫生部的批准文号：卫食健字（卫食健进字）+年号+流水号。 并且规定在包装或标签上方必须标有保健品的特殊标识：“蓝帽子”，一个类似蓝帽子的图案,下面有保健食品四个字，保健食品四个字下面是批准文号。没有蓝帽子和保健品批准文号的就是假的保健品。
不管是食品还是保健食品都是食品，都需要办理食品流通许可证，除了食品流通许可证你还需要办理进出口经营权，具体流程请到所在地的食药监局网站和商务委网站上查询。
可以上架销售了，当然是以普通食品销售了，加上报关单和卫生证书就可以了
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