国内大学，官方没有任何排名。作为C9高校，南京大学、中国科技大学和上海交通大学应该属于一个档次的高校，名气差不多。学科方面，中科大强在理，上海交大强在工，南大各学科最为均衡。
在多数民间排名中，南京大学高于上海交大，上海交大高于中科大。但个人认为，这些排名都远非科学。
选择上述高校，最好是按专业。如工学类尤其机械、电气可考虑上海交大；理学类如数学等考虑中科大；物理、软件工程及社会科学方面的专业，要优选南京大学。
以上三所大学除清华外是中国现阶段最著名的三所理工类见长的综合类高等学府，整体实力不分上下，如硬要排出的先后的话，那应该就是：上海交通大学＞中国科技大学＞南京大学，理由一句话，历史更悠久，文化底蕴更深厚。以上是个人的看法，仅供参考。
都差不多，都是中国常春藤的成员，都各自有每个学校的优势，就看你是什么专业的了。
想学理科并想出国就选中国科技大学
想学工科上海交大是理想的选择
南京大学物理专业还是很强的
要是没什么偏好
上海交大>中科大和南京大学
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