生物菌肥是近几年出现的一种新型的生物“肥料”，虽然叫做菌肥，但是其本质不是肥，只是通过一些工厂的手段培养的一些在土壤中有利于土壤和作物的有益菌类。
分类
有固氮作用的菌肥：包括根瘤菌、固氮菌、固氮蓝藻等；
分解土壤有机物的菌肥：包括有机磷细菌和复合细菌等；
分解土壤中难溶性矿物的菌肥：包括硅酸盐细菌、无机磷细菌等；
促进作物对土壤养分利用的菌肥：包括菌根菌等；
抗病及刺激作物生长的菌肥：包括抗生菌、增产菌等。
生物肥料的种类很多，按其制品中特定的微生物种类分为细菌肥料、放线菌肥料、真菌类肥料、固氮蓝藻肥料等。根据其作用不同，生物肥料可分为五大类。
（1）有固氮作用的菌肥。包括根瘤菌肥料、固氮菌肥料以及固氮蓝藻等。
（2）分解土壤有机物的菌肥。包括有机磷细菌肥料和复合细菌肥料。
（3）分解土壤中难溶性矿物的菌肥。包括硅酸盐细菌肥料、无机磷细菌肥料等。
（4）促进作物对土壤养分利用的菌肥。包括菌根菌肥料等。
（5）抗病及刺激作物生长的菌肥。包括抗生菌肥、增产菌肥等。
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