(1)金刚石、石墨的碳原子排列方式不同,决定了金刚石、石墨的性质不同.(2)钠原子和氖原子的质子数不同,所以原子的种类不同.(3)CO与CO2的分子的构成不同,决定了CO与CO2的性质不同.故答为:(1)排列方式;(2)质子数;(3)构成.