冷链物流一直被看好，但是与其相伴随的是冷链成本较高，盈利甚少，这成为冷链行业发展的最大阻力。现在就各个环节进行成本的分析。
养殖户在供货的时候就需要进行保鲜的，如捕捞业的生虾时打捞时需要加氧，运往保温船，再搬运到保温车中。而为保证成活率，捕捞到销售要保持在两个小时之内，如果天气情况恶劣，则产生的消耗更大些。同时，批发商需要收取养殖户或种植户的中介费用。
再看批发商，批发商主要销售给当地摊位或者是饭店，而在收货转货的过程中存在缺乏冷藏或者冷藏不达标的情况。
再看车队和司机这一环节，冷藏车的成本油、工人费、司机费、路费、以及可能出现的超载罚款费用，再加上季节性的费用不平衡等因素，司机的利润不高，如果是运输活鲜，则还需要打氧、低温等各环节不能出错，由于冷藏车车停制冷不能停，因此在市区运输时会产生更多油耗。同时客户运输运量难以控制、生鲜运输等时效性较强这些问题也给冷链运输带来了巨大的成本消耗。
在冷库等冷藏体中，中国冷库温控无分级或分级不严格，有可能不需要冷藏冷冻的货物放到了冷冻库，需要冷冻的又放到了冷藏库，造成生鲜的电力的损耗。
而如何解决成本高的问题呢？首先需要实现产业规模化，只有形成了产品的完整产业链，则会形成规模效应，冷链物流的相关物流成本则会下降并且稳定下来。其次，实现产品的集中送货和约定送货，这样减少了冷藏车的空载空置问题，也可以实现产品的及时和新鲜。再次，对冷库的技术改造和冷藏车入冷库装卸货，实现冷藏产品的按温度等级分类放置，同时冷藏车入库可以减少装卸货这段时间产品的损耗问题。而通过这样方法，冷链物流的成本才会真正的降低下来。
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