一般食品卫生许可证，可以在当地县一级卫生部门办理，并不要求到省局办理，即使在省局办理，其效力是一样的；保健食品卫生许可证，必须在本省食品药品监督管理局办理。现在一些行业，已不要求必备卫生许可证了，只要有QS证，就可以说明生产现场或经营场地具备卫生条件。
卫生许可证是由卫生行政部门发放，因此，应该到当地卫生行政部门申请办理。具体的办理部门一般说来是当地行政审批服务中心卫生（计生）局窗口，或当地卫生局卫生监督所。
