医院科室设置合理，专科专病各具特色。门诊部设有肺病专科、心脑病专科（心脑血管内科）、肝胆病科、骨伤科、肛肠科、妇科、脉管炎、乳腺病、脾胃病、风湿病、痤疮、颈椎病、肾病专科、特殊疾病、慢性病等突出中医和中西医结合特色的专科。名医馆定期坐诊的省级名中医有8人，其中博士生导师4名，硕士生导师3名，主要对眼科、皮肤科、肾病专科、神经内科、呼吸内科、疑难杂症、妇科（尤其在治疗不孕症方面）等专科有很深的造诣。
住院部设心脑病专科（心脑血管内科）、肺病专科（呼吸系统疾病专科）、内分泌科、儿科、脾胃病科（中医特色消化专科）、肝胆病（肝胆外科、微创外科）、泌尿外科、妇科、骨伤科（创伤外科）、神经外科、重症监护室、血透室等专科。
中西医结合肺病专科、中医特色消化专科、心脑病专科、血透室、微创外科、骨伤科、脑外科、针灸理疗科为医院的特色科室。
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