一个意思。因为古代罗马帝国用的是拉丁文，写的字母就是拉丁字母。所以称它为罗马字母也不错，汉字拼音的先贤权威赵元任、黎锦熙等搞的拼音方案就叫国语罗马字方案。
虽然书写的时候是用相同的文字，但是在发音和拼写规则上还是有区别的。汉语拼音是由声母与韵母以及音调组成。而日语拼音则是用k、s、t、n、d、h、m、y、l、w几个音与a、i、u、e、o五个音两两组合成五十假名的发音，然后再用这些假名发音组合成词语或句子，而且日语拼音里没有语调。
比如同样一句话：我吃饭，汉语拼音是wǒ
chī
fàn
，日语拼音是watasi
wa
taberu
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