中央空调的制冷和制热效果，取决于主机。楼主的单位配的主机看来应该是风冷热泵，风冷热泵的运行原理是利用空气中的能量取热或排热。
利用空气的取热或者排热的热泵主机，它的效率与室外空气的温度有直接关系。一般夏季室外温度超过33度，风冷热泵的效率会下降，就可能出现制冷不足的情况。但如果是冬季制热，室外温度低于0度的话，风冷热泵主机的效率会明显下降，就可能出现制热不足的情况。
楼主单位的中央空调在冬天的时候如果是负载侧的回水温度为39～40度，而出水温度为46度的话，那么表示风冷热泵主机的负载侧供回水温度是正常的，这和要求的中央空调水系统的冬季供回水温度相同。但如果这个时候室内风机盘管侧出风温度达不到要求的话，应该就不是主机的问题，可能是系统或者末端的问题。根据楼主所说，这套系统刚装好时就是目前的状况，估计可能出现的问题如下：
1、空调的供回水管路保温不好，在供回水过程中有比较大的能量损失，致使供热效果差；
2、水泵的扬程不足，无法将足够的水供到风机盘管，致使供热量下降；
3、末端风机盘管的安装有问题，比如风机盘管是不是安装过高，或者安装的位置出风很不好，因为当风机盘管安装过高的时候，冬天的热空气会堆积在房间的上部，另外出风位置不好，可能导致风压不足，只在风盘周围温度高，其他区域效果不行；
4、系统的控制系统问题，比如感温探头是否安装正确，或者是否已经损坏，又比如风机盘管的控制是否正常，也可能是系统中的电动二通阀与主机联动时出现问题等；
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