兔巴氏杆菌病与兔李氏杆菌病、野兔热、兔支气管败血波氏杆菌病和葡萄球菌病有类似之处，应注意区别诊断。
兔李氏杆菌病
李氏杆菌病为急性型，临床症状及肝脏的剖检变化与急性败血型巴氏杆菌病相似，但李氏杆菌病的肾、脾、心肌有散在性或弥漫性针尖大小的黄色或灰白色的坏死病灶，淋巴结显著肿大，胸腔和心包腔内有大量清亮的渗出液，这些是急性败血型巴氏杆菌病所没有的。
野兔热
兔急性败血型巴氏杆菌病与野兔热的急性型常呈突然败血症而死亡，死亡兔的肝脏均可出现弥漫性粟粒大的坏死灶。但野兔热的淋巴结显著肿大，呈深红色并有小的灰白色干酪样的坏死病灶。脾脏肿大，切面可见到粟粒大至豌豆大小的灰色或乳白色的坏死病灶。有的病例在肾脏也能见到同样的病灶。这些器官的剖检变化特征是兔急性败血型巴氏杆菌病所没有的。
兔支气管败血波氏杆菌病
虽有卡他性鼻炎或肺脓肿，但无中耳炎，病原为多形态的支气管败血波氏杆菌。
葡萄球菌病
主要病变为脓肿和脚皮炎。脓肿多发生于皮下和肌肉，肺和其他内脏少见。无化脓性鼻炎、中耳炎等病变。
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