首先你需要一个能够对序列进行编辑的软件（比如Mac系统的MacGDE、WIndows的BioEdit、Mega、Genuis、ClusterX等）对整个数据库排序（Alignment）,就是把相似的位点放到一起去. 同时你要决定构建树用的方法,一般来说用Maximum Likelihood（Paup）、Bayesian（Mr Bayes）,不过在此之前先用Neibour-Joining（快速,不准确）看一看大概情况也是必要的然后就是把数据库里有Gap的部分切掉,然后放到构建树的程序（Paup、MrBayes等）去做树具体方法见那些软件的说明书……
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