A、四倍体马铃薯的花粉离体培养后形成的植株虽然具有两个染色体组，但称为单倍体，A错误；B、基因工程育种能让生物具有本身不存在的基因，育种原理是基因重组，B错误；C、子女与父母的性状总有一些差异，这些变异的主要来源是基因重组，C正确；D、一条染色体上缺失了3个碱基对，属于基因突变，不属于染色体变异，D正确．故选：CD．
