在南京
河海大学校本部位于南京市鼓楼区，设有江宁校区和常州校区，总占地面积2300余亩。
河海大学校本部位于南京市鼓楼区清凉山北麓，占地800余亩，校园环境优美，绿树成荫，花香四季，参天法桐夹道而立。学校先后荣获全国部门绿化“三百佳”和江苏省“花园式高校”、“园林式单位”称号。多次获得江苏省文明单位、江苏省党建思想政治工作先进集体称号。
1986年河海大学在江苏省常州市设立分校，后改为校区。常州校区是河海大学具有较完整办学功能的重要组成部分，是学校建设高水平特色研究型大学的重要支撑。校区地处江苏省苏锡常经济高速发展地区，位于常州国家高新技术产业开发区，与常州市行政中心比邻，河海大学江宁校区教学区位于南京市江宁开发区。
河海大学在江苏南京有西康路校区和江宁校区两个一本校区，在江苏常州有一个二本校区，在安徽马鞍山有一个三本的文天学院。
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