我在公司工作三个月,一直未签劳动合同,现在公司让我主动辞职,我可以申请仲裁吗?

当然可以申请仲裁呀。但是请注意一下几点：
1、只要你按照公司的指示进行工作，即便没有签订劳动合同也形成了事实劳动关系，如果离职，公司应当支付你后两个月两倍的工资。
2、公司让你主动辞职是为了逃避自己的责任。这个不能轻易答应。劳动合同法规定在员工没有过错的情况下，公司一般不能任意解除劳动合同。但是如果你自己主动辞职了，公司就不承担责任了，而且你也拿不到经济补偿金（虽然只有半个月的工资）。
3、如果要提劳动仲裁，注意保留好证据，如工资条、工资卡、工作证等，证明你和公司之间有劳动关系，否则，仲裁不予受理。

劳动仲裁解决此事！完全可以胜诉。随时可以申请的

1、单位严重违法，劳动合同法规定，建立劳动关系一个月内应该签订劳动合同

2、因为单位的违法行为，你可以随时辞职，并要求单位支付你经济补偿金、双倍工资（最多11个月）等，支付加班工资
3、属于劳动纠纷，应该尽快去提出劳动仲裁，你不需要承担任何责任，可以随时离职。单位没有权利扣押任何工资

4、搜集一些证据能够证明你与这个单位存在劳动关系的，比如工作牌、工资卡、考勤记录等任何一个。当然单位给你交的保险是最好的证据

法律依据

第十条 建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。
已建立劳动关系，未同时订立书面劳动合同的，应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。

第八十二条 用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。

第四十七条 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿

公司应在员工入职起一个月内(试用期内也应当与员工签订劳动合同)与员工签订书面劳动合同，若没有签订书面劳动合同，应从第二个月起支付员工双倍工资。但要注意一年的诉讼时效问题，双倍工资的请求诉讼时效是逐月失效的。
法律规定：劳动合同法第十四条：用人单位自用工之日起满一年不与劳动者订立书面劳动合同的，视为用人单位与劳动者已订立无固定期限劳动合同。第八十二条规定：用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。
员工离开公司的原因不同，依照法律规定，补偿或赔偿是不一样的，具体您可以参考下面观点：
若公司无合法理由辞退你，是违法解除劳动合同，应每工作一年支付2个月工资作为赔偿金。以你离职前12个月的平均工资计算工资标准，是全部工资的平均。
若公司有拖欠工资或克扣工资或单方面调你的工作岗位或降低你的工资等违法原因,您可以以此被迫提出离职或确实是生产经营困难等原因解除，是有补偿的, 每工作一年补偿一个月工资。
若公司有少发或不发加班工资的情况，您可以以此被迫提出离职或确实是生产经营困难等原因解除，是有补偿的,每工作一年补偿一个月工资。
公司若不提供劳动条件，变相调岗，你也可以以此被迫提出离职，要求公司每工作一年支付你一个月的工资。
同时你可以要求公司结清全部工资
若公司与你协商解除劳动合同，应支付每工作一年一个月工资作为补偿金。
若员工主动提出离职，是没有经济补偿金的，无论工作了多少年或签订的是什么样的劳动合同。

可以。劳动合同法规定，招聘员工必须要在一个月内签订劳动合同，公司三个月未有同你协商签订劳动合同，很明显已经违反了劳动合同法。按规定你还可以得多额外一个月的工资补偿金。

是因为您工作让对方不满意？
如果是这样，仲裁没用的，因为这是在中国。
谁有钱谁就有理。
可以去劳动局上告。。。结果是让对方浪费一些钱请客送礼，并联络公司与劳动局的关系。
前提是，您结算请工资后再搞，提前搞怕扣您工资，拿不到钱了。