megablast，discontiguous megablast，传统的blastn和tblastx的异同

Megablast，Discontiguous megablast 都是BlastN，就是核酸序列比对核酸序列的算法。
MEGABLAST主要用来鉴定一段新的核酸序列，速度快。同一物种间的。
Discontiguous MEGABLAST灵敏度更高，用于更精确的比对。主要用于跨物种之间的同源比对。
传统的blastn和tblastx的异同，在用核酸序列搜索EST数据库时也发现tblastx和blastn的差异很大，tblastx搜的结果相对blastn来说Max score比较小，但是Total score比较高，Evalue也较显著。有蛋白序列的，尽量用蛋白序列比对，准确性较高。

megablast，discontiguous megablast 都是核酸序列比对核酸序列的算法。
megablast 并不注重比对各个碱基的不同和序列片断的同源性，而只注重被比对序列是否是数据库未收录的，是否为新的提交序列或基因。
discontiguous megablast 灵敏度高，更好地用于查找不同物种的相似的核酸序列，而不是与查询序列相同物种的。
传统的blastn和tblastx的异同
blastn，核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。
tblastx，核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白，这样每次比对会产生36种比对阵列。