mSATA接口和mini PCI-E接口外观是一样的，一样可以插入设备，但一般是不能通用，两者插槽上的阵脚信号定义不同，因此不要乱插开机，以免造成设备损坏。
mSATA接口是用来连接迷你版本的SATA硬盘；mini PCI-E接口是用来连接迷你版本的PCI-E设备，从SATA硬盘和PCI-E设备就能很好地理解两者的区别了。
一般来说，电脑上的这个接口只能连接其中的一个设备，在PCB板上有mSATA或mini PCI-E丝印标注、或这外壳上加以标注说明区别、或在槽附近有贴纸标注说明。但也有一些主板或笔记本，使用PCI-Express/SATA路由芯片来解决实现一个接口同时兼容mSATA与mini PCI-E，这个芯片是一个双向多路复用器，比如NXP CBTL02042芯片。
因此，要区别mSATA接口和mini PCI-E接口还是通用型，最好是看标注说明。单从外观上比较难区别，除非是电路熟悉者可从接口的信号走线上加以区别，这不是普通用户能做到的。
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