冒险，从莎拉镇开始了。不论是奥得博士的研究所还是小键的家，都座落于这个城镇中。前往至第1线路之后，奥得博士就会登场，乖乖的和他去研究所吧！桌子上有三个精灵球（妙蛙种子、杰尼龟和小火龙）去选择一个自己喜欢的怪兽（本人选择小火龙），博士拜托你去道吉市的友谊商店拿回托送物品，刚要离开，小键前来挑战，于是，你的初次对决开始了（战斗过程中系统会有战斗提示，所以初学者不用担心）轻松获胜后，去道吉市友谊商店从店主那里得到托送物品，回来交给博士，就会得到口袋怪兽图鉴了，要离开家乡的时候，千万不要忘记去姐姐家里索取地图（城内地图）那可是冒险必备之物。 通过了1号道路后，再次来到了道吉市，如果此时前往左边的22号道路，就会再次与小键战斗（依据此处战斗的胜负结果，小键所拥有的怪兽进化形态也会发生变化），在游戏的开始阶段道吉市立体育馆是无法进入的，所以只好向北方进发了（出口处的老爷爷会教你如何进行怪兽捕捉，初学者好好学习一下吧！）通过了2号道路的道吉之森出入站后就来到了神秘的道吉之森，这里有不少怪兽训练员，可以和他们进行挑战以获取经验值和金钱,这里的路上可以拣到广播电视，可以随时提供在线演示，十分方便。森林里生活着各种各样的昆虫系怪兽，如果这时有飞行系的怪兽在队伍中，会对战斗十分有利！ 走出森林后，来到了比尼市，如果认为怪兽等级够高的话，就去挑战比尼市立体育馆的小刚吧，看过动画的人应该知道，他可是训练岩石系怪兽的高手。打败他以后获得了灰色徽章和39号秘籍（岩石封印 100％追加效果让敌人速度下降一个等级）比尼市最著名的科学博物馆是向游人开放的，只要花50元就可以进入参观，里边可以看到传说中的口袋妖怪化石镰刀盔和化石翼龙的骨骼标本，二楼还可以看到航天飞机的模型，有一对亲子虽然很想要主角身上的怪兽，但是因为和所有人很熟识地缘故，所以只好放弃了。 离开了比尼市，来到了3号道路，这里到奥西米山洞之间有八位训练员登场，好好利用奥西米山洞入口附近的pc进行及时的恢复吧，在pc大厅左上角会有人出价500元卖秘密怪兽,其实就是鲤鱼王，玩过红绿蓝的朋友应该不会上他的当了吧。 一切准备就绪以后，就可以进入奥西米山洞了，里边同样有很多训练员等候主角的挑战，而且，还有身穿黑色衣服的火箭团挡路，经过了重重难关终于到达了山洞的另一端，这时会和考古专家对战，战胜后取得化石的其中一种（左边龟壳化石，右边甲壳化石）不管是做什么用的，先出洞再说（怪兽快撑不住了啊） 来到空旷的4号道路，途中会遇到两个格斗家，可以向他们学习威力强大的招式，左边的会教授冲钳，右边的会教授花踢（好怀旧的招式啊！）一定要记得让你的怪兽学习，之后来到了著名的水都（守护神?）——那达市，在那达市中，拥有水系怪兽的馆主小霞早已经做好准备在此等候着主角的到来，将其击败后可以取得蓝色徽章和03号秘籍（水波动有20％可能性追加效果让对手进入混乱状态），在pc左边的屋子里，老人会向你交换红唇姐（就是冰系＋超能力系的那个人形怪兽)，但是你要有蚊香蛙才可以换得，左上方民居内的老人会给你解释各属性的特点，现在如果没有兑换卷的话，自行车价格简直是天文数字（1000000元）所以不要理会，向北方继续前进。 刚到24号道路，小键再度出现，他的怪兽非常厉害，属性也很全面，要用相克的属性招数来对付，战胜后他会送给主角类似于前作口袋导航仪的装置，主要用于和重要人物、馆主进行联络。在离开了那达市后，来到了黄金球大桥，只要打败桥上的五名挑战者并击败火箭团员（刚开始说话还挺客气，后来狐狸尾巴就露出来了）就可以获得金珠最为奖励，进入25号道路后仍然有许多挑战者严阵以待，注意善用恢复道具，继续向前走会看到一个小屋，屋里面只有一只皮皮，和他对话后发现原来是个人，等他进入交换机以后操作下边的电脑就可以帮助他恢复原状，为了表达谢意，他会送给你非常重要的安尼号轮船的船票。再度回到那达市，右边房子门前的警卫会让开，进入后发现屋内一片狼藉，顺着脚印从后边的洞口出去，会遇到火箭团的人（真是无恶不作，让人家怎么住啊？）好好教训他一顿以后，他留下了28号秘籍（挖洞蓄力一回合第二回合攻击，可用于逃出迷宫）逃之夭夭。继续向下方前进，就来到了5号道路，顺着坡道下来可以进入精灵屋，可以在这里存放你的怪兽进行养育，下边的山野市检查站有检查人员暂时无法通过，所以，只好走右边的地下通道了，入口处的小女孩可以用尼多娜换取尼多兰。 通过了地下通路，来到了6号道路，这个地区有两对男女组合，要小心应付。一直向下就来到了库吉市，在pc大厅的柜台前有人会送你远程呼叫器，这个东西可以让你反复挑战已经挑战过的训练员， 只要在此人附近使用就可以进行“挑衅”但是，每呼叫一次都要蓄电，所以，还算是有用的东西。在口袋人气俱乐部内，如能忍受会长的长篇大论，就可以从他那里拿到自行车兑换卷（还记得上边提到的天价自行车吗？现在可以免费获得了！）在海边的小屋里和钓鱼人谈话可以获得初级吊杆。由于，库吉市修行场前边的道路被小树阻挡无法通过，所以，还是先上船再说吧！向水手出示了船票之后就可以进入安尼号了。 在船舱的客房里又很多游客会与主角对决，所以，恢复自然是少不了的，一进门右数第二个房间里，和女孩说话就可以进行恢复了。在底层餐厅的垃圾桶里可以找到放树果的袋子，以后可以通个这个道具存储各种果实。来到二层船长室门前和小键进行第四次战斗后，进入船长室和船长说话就可以得到01号秘传技（间合斩普通攻击技巧，可以破坏小树和草地），刚离开了安尼号，船就离去了。 让队伍里的怪兽学习间合斩以后，破坏库吉市修行场前边的小树后，就可以进入挑战了，馆主是电系怪兽的使用者马奇士，这里要注意一下，修行场内的机关比较麻烦，建议4号秘籍（电击波必定命中对手）继续向右前进，经过11号道路，来到12号道路入口的2楼，奥德博士的助手在此等待主角的到来，只要现在捕捉怪兽数量在30只以上，就可以和他换取透视仪，相信大家对这个仪器都不陌生了，它可以寻找地图上的隐藏物品，上方的男孩会那尼多利换取尼多利娜，刚要准备向12号道路前进，一只硕大的石翼龙兽就挡在了路的中央，阻止了前进的道路，没办法，只好原路返回。 来到11号道路，这里会看到地鼠洞穴，从这里可以回到以前经过的2号路，途中的房间找玩gba的男孩可以用凯西换取吸盘魔偶，以前被小树阻挡而无法通过的地方现在也可以通过了，下边的房子里可以拿到05号秘传技（闪光使对手命中率下降一个等级，可以扩大黑暗中的视野范围）条件是必须要捕捉到10种不同的怪兽，一定要记得拿啊！ 下一个目标就是曾经去过的那达市了，途中会经过比尼市，科学博物馆右侧的树现在可以破坏了，从这里可以进入到博物馆的后门，和中间的学者说话后，得到秘密的琥珀（请大家记住这个物品，以后要用到的）右下角的工作人员会教授格斗系代表招式地球掷（伤害值和等级相同）几经周折，又回到了那达市，这回有了间合斩的帮助右边的通路也没有问题了（玩这个游戏记忆力不好可不行）把挡路的小树砍掉后来到9号道路，经历了众多训练员的战斗后，来到了依亚隧道旁的pc进行恢复，pc中心大厅右边的白衣人会给你不变之石，条件是要捕捉20种不同的怪兽,恢复完毕后进入依亚隧道！ 隧道内漆黑一片，只有有限的一点可视范围，幸好之前拿到了05号秘传技闪光术洞穴里的结构比奥西米山洞略显复杂，主要是围绕两层转，训练员以怪兽小子和登山者为主离开依亚隧道后经过10号道路来到了著名的鬼市——西奥镇。 西奥镇给人一种非常神秘感觉，座落于城市东方的精灵塔更是云雾缭绕。由于城市并不宽阔，所以，当中也没有设立道馆，这些大概都应该要怪罪于为了慰藉口袋妖怪灵魂而兴建的口袋妖怪精灵塔了吧？虽然总觉得散发着些许令人害怕的妖气，但是，还是阻止不了我们的调查行动。位于城中的是怪兽之家，听家里人讲，身为怪兽之家长老的富士老人，自从精灵塔之后就行踪不明了，南方的小屋是姓名占卜师家，可以给你的怪兽更改姓名。为了解救老人，我闯入了精灵塔，塔内的训练员全部是巫女，使用的是幽灵系怪兽，建议大家用恶系的招式对付，遇到的敌人都是呈雾状的，所以无法进行实体攻击，只有逃跑。（第五层有一个结界可以进行恢复，中央取得灵符）当我即将到达最高层时，在楼梯前遇到一个30级的雾状怪兽,由于无法进攻也无法前进的缘故，我只好离开了精灵塔去寻找破敌的其他方法……从镇上人那里得知，要让黑雾现身只有去达西市取得西罗夫奇，所以，只有先离开这里了。 从左边出城经过第8号道路，由于通往山野市的入口有警卫看守，所以暂时从上边的地下通路走吧。出了通路经过第7号道路来到了最繁华的达西市，首先利用间合斩到达达西市立体育馆，馆主是喜爱花草的草系怪兽训练员艾利卡，战胜后获得绿色徽章和19号秘籍（电击流命中后将伤害值的一半进行恢复）现在要去百货顶楼购入一些饮料（送礼用）给旁边的小女孩可以得到回报，送她美味之水可以得到16号秘籍精神汽水可以得到20号秘籍米力液可以得到33号秘籍。另外，从右边大楼后门进入的话，在顶层的房间桌子上可以拿到伊布。关于本市的游戏大厅的游戏介绍，我就不再做文章了（请各位会员期待以后的详解吧！）大厅右边壁画前有个火箭团员形迹可疑，和他说话居然大打出手，将其击败后调查壁画，发现右边出现楼梯，这里应该就是火箭团的地下指挥部了。 火箭团的地下指挥部一共分为四个场景，有两个场景都会出现传送带机关，要先看好传送路径以后在去踩，千万不要太心急，因为这样会更加麻烦的。既然是火箭团的基地，训练员肯定是一水的团员了，轻松的来到B4F,击败左上方房间内的团员以后，他会交给你电梯钥匙，进入电梯（每层的右下方红门）使用电梯要是以后就可以进行楼层选择了，来到B4F，门口有两个团员要一一击败门才会开放，里边坐在沙发上的就是火箭团的魔王——萨克奇，他的怪兽是大岩蛇铁甲犀牛和袋熊，击败他以后可以拿到西罗夫奇（还记得这个东西吗？它就是可以破除精灵塔内黑雾的关键道具）现在可以顺原路返回西奥镇了。 再度进入神秘的精灵塔，由于有了西罗夫奇的帮助，这下就可以看清黑雾的真正身份了，原来是一只30级的哥拉（它是无法进行捕捉的）击败它以后进入塔顶，原来富士老人是被火箭团绑架的，连续击败3个团员后解救老人，作为回报富士老人会把自己珍藏的口袋妖怪之笛送给主角，他可以唤醒沉睡的石翼龙兽，这下又有很多未知地带可以到达了。 由于游戏里一共有两只石翼龙兽阻挡的道路，所以，下面我将分别写出两条线路的攻 线路1：从西奥镇左边通过第8号道路的地下通路来到达西市左边的16号道路处唤醒石翼龙兽（这种罕见的怪兽一定要捉啊！）通过间合斩砍断小树以后到达左边的民家，和小女孩对话可以得到02号秘传技（飞空术第一回合消失第二回合攻击，可以到达以前去过得城市）快让你的飞行系学习吧，这个可是非常方便的技能！在通过自行车道入口大楼时别忘了和二楼的博士助手对话，如果此时你的怪兽种类已经到达40种以上时，他会送给你守卫饭（和训练家战斗后金钱获得2倍，就是红蓝宝石版通关后妈妈送的东西啦！）出大楼以后来到自行车专用下坡道17和18号道路，如果之前没有取得自行车的话，是无法进入的。顺利滑行至沙吉市入口大楼（左侧），二楼的黄发男孩会用大舌头换取哥达鸭，出大楼进入沙吉市。 线路2：利用飞空术回到库吉市，通过右边的11号道路入口大楼（如果之前没有得到透视仪的现在可以到二楼取得，不要告诉我现在还没有捕捉到30种怪兽）出大楼来到12号道路，同样方法击败（捕捉）挡路的石翼龙兽，第12号道路是垂钓者的聚集之处，水系训练员很多。向北方走又可以回到西奥镇，向南方前进会看见一间小屋和屋内渔夫的儿子说话可以得到中级钓杆，继续向下走会来到13号道路，这里地形较为复杂，由众多栅栏组成，由于下面还要经过训练员区，所以建议做好恢复准备以后再向下前进，经过了13 、14和15号道路的漫长旅途之后，终于到达了沙吉市入口大楼（右侧）二楼同样可以找到博士的助手取得学习装置（就是队伍中的怪兽不战斗一样可以分配到经验值和努力值的东西）要求是要收集50种不同的怪兽，出大楼进入沙吉市。 进入沙吉市后，首先要去沙吉市立体育馆和使用毒系怪兽的馆主强进行对决，体育馆内有很多隐形的墙壁，只要多走走就可以到达馆主所在的位置了，击败强以后可以获得爱心徽章和06号秘籍（猛毒使对手进入中毒状态，毒伤害随回合数增加而提升）找pc左边的屋子里的人，可以让你的怪兽忘记之前所学的一种招数（对于秘传技招式无法覆盖的，现在可以直接消除了）右边的第二个屋子可以得到高级钓杆，第一个屋子的园长会要你帮助他找丢失在沙狐区的金色假牙。为了可以得到奖励，只有向位于北方沙狐区前进了， 花费500元可以得到30个沙狐球，而且有步数限制（600步），难度也是很大的，在区域3的训练所中可以得到03号秘传技（冲浪术攻击技巧，可以在水上移动）学会以后从下边的水池游过去，就能在草丛中找到金色假牙了，回去交给老人可以得到04号秘传技（怪力攻击技巧，可以推动怪石)右边刚才不能推动的石头现在可以了，取得奇异甜食 通往山野市的入口（四个）都有警员把守，从他们的说话态度来分析，这几位警员大概都非常渴，所以先飞回达西市，到百货大楼右边的高层建筑第一层找老奶奶要好喝的饮料（千万不要买百货大楼顶层自动贩卖机里的饮料，那三种他们不喝的），把饮料交给其中一个入口的警员之后四个入口都可以通行了，进入山野市，城内看来已经被火箭团占领了，山野市立体育馆的门有团员把守暂时无法通过，先去挑战左边的格斗道场吧！击败老师之后，就能够获得格斗系怪兽代表艾比郎或沙瓦郎。下一个目标就是位于市中心的西罗夫公司总部，这座大楼一共有11层，内部很多地方由传送点构成，首先在第5层下方拿到钥匙卡，现在可以打开一切封闭的门了，9楼左下有个房间的女孩可以进行怪兽恢复，从3楼中央的传送点可以传送到7楼左上的封闭房间，小键在这里等候着主角的到来，战胜他之后从下边的传送点来到最高层，这里要挑战的是企图侵占西罗夫公司的萨卡奇，战胜他之后可以从会长那里获得大师球！山野市再度恢复了平静。体育馆没有了守卫，这下就可以挑战超能力系怪兽的训练者娜紫美了，体育馆内全部是由传送点构成的，相信有了刚才的经利，这点困难也不算什么了吧，战胜后获得圆月徽章和04号秘籍（冥想自身的特攻特防值上升一个等级） 离开山野市，用以前学会的冲浪术进入市南的19 20号水路，途中登陆孤岛——双子岛，洞内结构非常复杂，冰系怪兽较多遇敌几率很高，等级不够的还是不要擅自闯入了，到达一出全是岩石的地方，用怪力将其中两块顺着洞推下去，然后跳下，原来了激流也被堵住了，往前游一段，就可以看到三圣兽之一的急冻鸟（lv50）捕捉！出了双子岛山洞，由于前方水路不通，所以只好用飞空术回到主角的家乡沙拉镇了。回家恢复一下后，向南方的21号水路前进，和众多水系训练员一一战斗之后来到了南方的小岛——库林岛，这里的口袋妖怪研究所可以帮助你复原之前拿到的化石（一个是奥西米山洞二选一的化石，一个是比尼博物馆取得的神秘的琥珀）交给第三个房间的研究人员吧。去调查库林岛修行场的时候发现门是锁住的，所以只好先去口袋妖怪小屋里一探究竟。在第一层调查一个超梦的石像，启动开关后右边的铁门会交互的开放，在三楼的一个桌子上发现关于口袋妖怪超梦与梦幻的报告，最后到达地下一楼取得桌子上的秘密钥匙和下方的草系太阳光线秘籍以后，到库林岛修行场用钥匙开门后就可以挑战火系怪兽的使用者卡兹拉了，修行场内又很多关闭的门，要通过启动旁边的机器才可以打开，战胜卡兹拉以后可以得到火焰徽章和38号秘籍（大文字有10％的可能性追加烧伤效果）刚出修行场大门，就被人强制送到了陌生的第二块版图1号岛屿。 岛屿上方的山洞内可以泡温泉来恢复怪兽的体力，找洞内的白胡子老人说话可以得到06号秘传技（碎岩攻击技巧，有50％的可能性追加效果让敌人的防御力下降一个等级，可以击碎岩石），由于电力问题所以此处的pc都无法存取怪兽,只有先去位于1号岛屿北部的孤岛一探究竟了，经过了火焰捷径来到了孤岛的山顶，三圣兽之一的火焰鸟（lv50）正在这里等候，捕捉！回到1号岛屿坐水世界号来到2号岛屿，进入一民居得知主人家的小孩去3号岛采集果实至今不知下落所以请求主角的帮助，之后发生电单车党闯入事件，北方小屋里地巫女会教授怪兽水系代表招式高压水枪。坐船来到3号岛屿，刚一上岛就发现单车党和岛屿居民发生了冲突，上前帮助居民，分别打败三个人之后，头目出现（使用的怪兽为双弹瓦斯和臭臭泥）击败后敌人撤退（此时电力全部恢复）。继续往岛屿左方探索，进入果实森林，利用间合斩和冲浪术来到森林最深处，找到失踪的小女孩，但是发现她根本无法行动，正在奇怪之时，突然从树丛中跳出一直索利普，将其收服以后，小女孩得救，回到1号岛屿的大型pc中心领赏（具体是什么，冷某实在没有看清，请知道的朋友告知）并且送回了库林岛。 还差最后一枚徽章了，还记得道吉市那个关闭的体育馆吗？现在应该开放了，用飞空术直接飞至道吉市，进入道吉市修行场这里的馆主就是之前那个无恶不作的火箭员团长萨卡奇，他使用的怪兽属于地面和毒系，战胜他以后可以得到羽毛徽章和26号秘籍（地震攻击招式，对手使用挖洞时攻击力加倍）至此，全部的八枚徽章入手，但这并不表示此游戏的终结，更加厉害的对手还在等待着主角的挑战！从道吉市左边的出口进入22号道路，再度遇到小键，他的怪兽果然有很大的长进，尤其是主题怪兽，顺利的战胜他之后对手离去。 最关键的时刻即将到来，我来到了冠军道路，这里设立了八个检查站，只有获得全部徽章的人才可以顺利通过，进入洞穴，这里的训练员果然全部都是超强，一定要注意保存体力和bb值,这里要用怪力把石头推倒白色机关上边才可以消除阻挡的墙壁，在三楼的一处把石头推下洞穴，再跳下来用这块石头压住左边的机关，就可以到达洞口了，出去以后会看到由乱石组成的道路，只能走右边的那条路才可以到达石英高原的主楼，进入大厅后，选取自己最厉害的队伍进入挑战游戏的最终关卡——四大天王和冠军。 四大天王与冠军阵容： ` KANSU:lv52 白海豹 lv51 铁甲贝 lv52 胖顿 lv54 红唇姐 lv54 乘龙 SIPA:lv51 大岩蛇 lv53 艾比郎 lv53 沙瓦郎 lv56 豪力 lv54 大岩蛇 ? 菊子:lv53(这个等级没有看清楚)耿鬼 lv54 大嘴蝠 lv56 阿柏怪 lv58 耿鬼 lv53 鬼斯通 WATORU:lv56 暴鲤龙 lv54 哈克龙 lv54 哈克龙 lv60 快龙 lv58 化石翼龙 小键:lv59 比雕 lv63 主题怪兽（根据你所选的主兽） lv59 铁甲犀牛 lv57 胡迪 lv59 暴鲤龙 lv61 风速狗 将下来你要达到一些条件才能去彩虹诸岛的4、5、6、7号岛，首先你要
1、已经捕捉到六十只神奇宝贝，然后找大木博士去升级图鉴。
2、此时你发现四天王暂时还无法进去挑战，因为四天王缺少了一位成员。
3、到枯叶市坐船，往1号岛的神奇宝贝中心跟右方机器的男士说话。
4、进入之前捕捉火焰鸟的山顶，然后在右方寻找之前两名火箭队成员的踪影，战斗完后进入洞穴寻找红宝石，里面会出现金银版的神奇宝贝喔，到深处会发现很多排点字的遗迹，然后再下楼梯，可拿走红宝石，完全达到以上条件之后，回去找上述所提到的男士说话，即可到1号岛的港口坐船，前往4、5、6、7号岛喔。
在群岛的4、5、6、7号岛中，玩家会多次遇上宿敌小茂，但都不用战斗。最令人兴奋的是这里有野生的金银版神奇宝贝出现喔，另外岛上的训练家大部分都是使用金银版神奇宝贝，而且等级都相当高，所以要特别注意。
玩家坐船到4号岛后，在右上方（渡湖过去）有个山洞，里面是冰洞里可找到秘传机07爬上瀑布，途中有采破冰以及滑冰方式前进喔，之后走到最深处看见四天王之一的科拿与火箭队组织战斗，和她联手把火箭队对战打跑，然后乘船到6号岛，到达6号岛后，到最南边的遗迹，在点字遗迹前使用01居合斩打开秘道，进入秘道之后往前方的洞跳下去，接着跳上方的洞、接着跳左边的洞、然后接着跳右边的洞、跳下面的洞就可以发现蓝宝石，但是却被一位奇怪科学家抢走了，然后到5号岛右下方的火箭队基地就能进入了。
在火箭队基地里经过一番战斗终于找到刚才偷走蓝宝石的博士，战胜他后可拿回蓝宝石，现在回去和1号岛的神奇宝贝中心，和在神奇宝贝中心机器前的男士说话，便可进行蓝宝石／红宝石的对战与传输了，接下来就能去华蓝市左方的洞窟去捕捉超梦喔，除了洞窟内的地形非常复杂，需要花点功夫熟习路线以外，超梦更是难收服，大家要有耐心喔。 回到5号岛，使用冲浪到东北方的不归洞穴，要在里面找到一位少女，这个洞穴非常神奇，如果玩家不依序特定的顺序走，永远都会回到原点，因此，用以下的方式走可得到四样道具及找回该名少女，以登山男子为该层为起点--
1、右→下，获得悠闲香水。
2、随便进入一个洞回到原点，右→上→下→上，获得海潮香水。
3、随便进入一个洞回到原点，右→上→下→下→右→右，获得元气块。
4、随便进入一个洞回到原点，右→上→下→下→右→左→下→左，获得升级糖果。
5、随便进入一个洞回到原点，右→上→下→下→右→左→下→右→上，就能找到少女了，和她战斗完后就顺便带她回家。
到达7号岛，北方有一个战斗塔，玩家不妨有兴趣进去挑战看看，往7号岛的南边走，经过木桥及一些草原，在中途分叉路往左走，草堆旁边发现有山洞，进去之后运用玩家的智慧将这七块石头推到七个坑洞上，就可以启动机关，离开那个洞继续往下走，发现海上各分布好几个遗迹呢，每只未知图腾出现点也不一样喔。
主线剧情：
“喂，小孩，小心草丛！”这个声音的主人是大木博士。
正当少年R要独自出村，博士把他叫住了，并告知草丛里栖息着着野生的精灵，除非上边带着自己的精灵，不然会很危险……然后将少年带到了他的研究所。
故事就这么拉开了序幕，玩家所扮演的角色就是名叫R的少年(当然你也可以自己取名字),住在真新镇（マサラ）。随着博士到达研究所，同时遇上了博士的孙子，名字叫小茂的少年(当然也可以自己取名字，就起你的仇人的名字吧)。博士让你在他所拥有的三只精灵中任选一只相赠（三只精灵分别为：小火龙、杰尼龟、和妙蛙种子，均能有两次进化），选个你喜欢的吧。挑好后，小茂也选了一只（在属性上克你的），并向我提出挑战。作为开盘战，不是很难，就当先试试战斗系统吧。而后他离开，但这只是开场白，以后他有的烦你了。
辞别了博士，可以离镇了。果然如博士所言，草丛里确实藏有不少精灵，好好练一下级吧。很快便来到了常磐市（トキヮ），在商店里，从店主手里得到邮件。连忙赶回研究所将它交给博士，博士就会给你图鉴，于是菜单中多出一项图鉴，这意味着可以开始着手收集精灵的工作了。顺便再去一趟邻居小茂的家，拿到小镇地图（注意：此时不拿的话，以后就再不能拿了），可以正式出发了。
一路向北行进，一间大屋挡住了去路，只有通过常青森林才能找到出路。在森林里会首次遇上精灵训练师这种身份的人，而与之交战是可以得到经验值和金钱，而且精灵通过获取经验值才能升级和进化，所以千万不要错过。另外，这个森林有皮卡丘，喜欢的朋友就更不能错过哦^_^
走出了森林，发现已来到了日比市（ニビ）。这里建有一座博物馆，只要花50元就可以进去大开眼界一番。另外还有一间屋子标有GYM的记号，这就是道馆（道馆地图如图）。这里是训练家小刚，进去打败他，得到徽章的同时还得到34号技能机以示鼓励。之后和这个人（如图）说话，会给你跑鞋（按B可快跑）。此时市右的道路可以通行了，来到观月山下。洞门口有一间PC内会遇上一个卖鲤鱼王的，虽然以后可以通过其他方法得到，但人养的要比野生的长得快，但要多花500元，这是传说中的鲤鱼王，当前素质极差，攻击力不过10，但至20级后进化为暴鲤龙，攻击力非常强。
来至洞内，一方面战斗，一方面前进，虽有点累但收获不小。途中所得各宝物中有一个名为月之石的道具，能使某些精灵立即进化。在打败这里的考古学家后，他会让你从他身后两块古代物种化石（左面是镰刀盔，右面是菊石兽）中选一块。出了山洞，便是华蓝市（ハナダ）。不出所料，第二位首领小霞在此，上门去好好请教一番吧，打败后得到蓝色徽章（道馆地图如图）。市里开有一间自行车商店，不过绝对是买不起的，自行车得到的方法下文有述。沿着华蓝市一路北上，遇到了久违的小茂，不免又要“大动干戈”一番。这一路上还有许多训练师，打败他们后可以得到不少的经验值。过桥后来到海角的小屋（みさきのこゃ），见到了变成成怪物模样的正辉（マサキ）。交谈中得知他已造好一架机器来使他恢复人形。答应帮助他后（在电脑上按一下A），正辉成功地恢复人形走了出来。为表感谢，他送给你一张船票（很重要的道具），离开后回到华蓝市（ハナダ），发现右面屋门口的警卫让开了路，进去一看，屋内是一片狼籍。询问了主人后得知有一人来捣乱，而且又打破了墙逃走了。穿过那个墙洞，在屋后发现了一个形迹可疑的人，未谈几句就露出了真面目，于是教训了他，并从他身上“搜”出了28号技能机器。一路往南看到了两间屋子，不过通往黄金市（ャマブキ）的路已被封锁，只能向下走，途经一饲育屋，里面有人帮你照顾精灵，但是不能繁殖……穿过右面的隧道，再经过一大片草地，到达枯叶村（クチバ）。村里某间屋内可得到对换券（ひきかぇけん），若回到华蓝市，向自行车店老板出示的话，会得到一部崭新的自行车，这样走路就省力多了。而村里另一间屋内则会得到钓杆，作用不用多说，使用方法则是现对水域使用道具“钓杆”。村里有一个港口，这下船票可以派上用场了。出示船票后来到一条豪华的游船上。船舱内的旅客有相当数量是精灵训练师，小心应付。如精灵的体力不足，可在入口右边数起第二个房间里恢复体力，另外在厨房的垃圾筒里可以找到三颗果实。在船长室门前的通道内再次碰到小茂，战斗结束后再去找船长。耐心听完他一番话后，很高兴地把他珍藏已久的01号秘传机器（切树）交给我。离开船上岸，船起航了。将此秘传机器给精灵装备上，便拥有了切树的能力。还记得村里有间GYM屋么，现在可以进去了。调查里面的垃圾筒，连续两个不同声音，就能把门的开关打开。这里的首领是用雷电系的精灵，打败他就得到徽章（道馆地图如图）。由于拥有切树能力，可去的地方很多。先去村右的地鼠山洞（ディグダのあな），穿过山洞发现有一小屋，若目前精灵图鉴拥有种类已达10种，便可从屋内人处得到05号密传机器（闪光）。再回到华蓝市，往右走，一路经过9号，10号路来到岩间隧道（イワャマトンネル）。洞内一片漆黑，那就来光吧。使用闪光，果然一片光明，视野也开阔多了，略费周折就可以出洞，到了紫苑镇。村民为悼念亡灵建造了一座ポケモン塔，现在由于无法使阻路的精灵现形，所以建议先不要急着上去。从西面离开紫苑镇，在8号路发现了另一条地道（ちかつぅろ），并且通往玉虫市（タマムシ）。沿地道到达该市，此处有一间百货公司，可以购得许多重要道具，切记到楼顶去买饮料！三种都买，然后跟顶楼的人讲话，就会给你三不同的种技能机。另外注意一下百货大楼旁边的大厦，这栋大厦有后门，走后门进去到顶层可拿到NO.133伊布，使用水之石，雷之石，炎之石可以分别进化成三种精灵。拿到伊布后，再从前门进去，和里面的一位老奶奶对话，她就会给你一杯茶（非拿不可，否则剧情无法进行）。在PC下方的一间餐店，进去后和一个客人对话可以得到硬币盒，用于存放游戏代币，才可以到游戏中心玩小游戏。进入游戏中心，在柜台旁看到一名正在看墙上的画的精灵训练师。过去和他对话，就会发生战斗，打败他，他会逃跑。调查墙上那幅画，发现是个隐密的机关，开动后出现了一条通往地下的阶梯。顺着阶梯而下，打败多位训练师，最后在地下4层打败一位精灵训练师后再仔细盘问他，会乖乖地交出一把电梯钥匙（ェレベ—タのカギ）。来到电梯内，选择目的地地下4楼，出来后打败门卫，就见到了头目。一番较量之后，他会交出透视眼镜（シルフスコ—プ）。从秘密基地出来后，到GYM去挑战第4位首领吧（道馆地图如图）。这里的训练师用草系精灵，打败首领后得到徽章。之后赶快回紫苑镇，上精灵塔（ポケモン），在塔2楼又遇到了你的对手小茂，他又向你挑战……五楼有个可让精灵恢复体力的地方, 由于有了透视眼镜，楼顶的那个神秘的精灵就无所遁形，原来是嘎拉嘎拉（Lv30）。打败它之后救出一老人，与其交谈后回到他家中，为了答谢，会给你笛子（ポケモンのふえ），可唤醒沉睡的NO.143卡比兽(只有两只)。不过笛子也可以在精灵战斗中被催眠时使用，可唤醒它们。离开紫苑镇向南走，一只贪睡的卡比兽躺在地上挡住去路，用笛子去吹醒它，这下它醒了，可也生气了，免不了乱斗一阵，顺便也收复它吧。
之后在路上一小屋内又得到一支好钓杆（すごぃっりざわ），比以前那把好用多了。一路来到石竹市（セキチク），第5位首领在此“恭侯多时”了。另外在GYM屋内有一个看不见的结界，只有沿紧靠右墙的路从他背后绕过去才能与之交战（道馆地图如图，已把看不见的墙标出）。如果拥有的ポケモン数量已达 50种，则可去市外屋内二楼，会得到一宝物学习装置（かくしゅうそうち）。另外这里有狩猎场，花500块钱买入30个狩猎球（サファリボ－ル）去狩猎吧（600步限制）。这里的怪物都不错，值得一提的是水池里的迷你龙（ミニリェウ）别看现在弱得像“傻瓜”，待两次进化后包管你大吃一惊，绝对值得培养。还有不少其他精灵，是别处绝对没有的，用心捕捉，捕捉时共4项指令，其中エサ是喂饵，ぃし是拿石头砸，对不同怪物必须采取不同手段才能顺利捕到（例如迷你龙就得先喂一次饵再捕捉，包管手到擒来）。在狩猎区内找到一副金假牙（きんのぃれぼ），出来后把他交给PC右侧屋内的老爷爷，他会很感激地把04号秘传机器（かぃりき）交给你（作用：推动巨石），另外还能在狩猎场里拿到03号秘传机器（なみのり：冲浪）。在拿秘传机器04的屋子旁边那个屋子，可得到超级钓竿。
打败这里的道馆首领后回到玉虫市，往左走，唤醒卡比兽，将上方的树斩了，到左上角屋内可得02号密传机器（そらをとぶ），只有飞行系能装备（能去曾经去过的城市）。另外如果有30种PM，在此关卡2楼，可以得到守卫饭（战斗后得到多一些金钱）。往右出市，经过关卡，警卫说口渴想喝茶，于是将茶（从老奶奶手中得到的）交给警卫，这下他放行了，于是来到黄金市。和人们的谈话得知，这个城市已经被火箭队占领……市里有一座高11层的大厦，那里就是火箭队的基地。这幢大厦有很多传送装置，还有紧闭的门。利用那些传送装置，在5楼会找可以打开那些门到钥匙卡（カ－ドキ－）。在9楼左下方有个人会帮精灵恢复体力，这样就不用跑去PC屋了。最后在3楼的一个传送点，传送到7楼，再次与小茂交手，之后和旁边一个人对话，得到乘龙（Lv25）。再经过一个传送点，在楼顶见到火箭队的头目并与之交手，之后与屋内人交谈，可得大师球（マスタボ—ル）。出了大厦，第6个GYM门前已无人阻挡，这个道馆的首领用的是超能系，打败她同样得到徽章(道馆地图如图)。在GYM旁边还有另一间道馆，不过是假冒的，若有兴趣打败里面的首领，可以在两个格斗系的口袋妖怪中任选一个，左边是沙瓦郎，右边是艾比郎。
再次回到石竹市，从市南下水，一直游到双子岛，穿过岛上山洞。洞内机关须用精灵能力推动岩石（装备秘传机器04），使之落到最下层，等到2块都落下并阻住水流，就可以出洞了。另外洞内最深处还有一只急冻鸟，动一番脑筋争取捉到它！从山洞出来，继续往左游至红莲岛，第7位首领就在此。岛内的研究所，可将以前获得的化石（カセキ）或琥珀（コハク）交给一位科学家，他就会通过一系列高科技技术提取细胞培育出已经绝种的精灵，其中化石培育出的可进化。这里的GYM屋被锁上了，还是先去屋左的楼内找钥匙吧。那些雕像是用来控制门的开关的，反复摆弄，终于把钥匙弄到手了，可以进GYM屋了（道馆地图如图）。打败首领卡拉，得到徽章。刚迈出道馆大门，就被一个人叫住，然后被带到一艘船上，来到一个小岛（橘子群岛）。下转支线剧情攻略。
现在只剩下常磐道馆了，就回常磐市吧。现在可以有两个选择，一是从红莲岛出发，往北走水路回真新镇，再到常磐市；二是直接用飞行秘籍回去。至于哪个，随便选择。回到常磐市，进去GYM屋，首领就是火箭队的头目！不过这次他及其属下的实力确有提高，不可掉以轻心（道馆地图如图，未标出首领）。打败后别忘了再次交谈，而后他就……消失了？！
至此，已经打败了全部八位首领，但还不算完。从常磐市出发向西北方的精灵联盟（セカエイ）走，路上会遇上对手小茂，但他现在已不是我的对手了，轻松解决，嘻嘻。
到达宫殿后，向各卫兵依次亮出自己苦心战斗才获得的各枚徽章之后来到迷宫内。机关同样要推动岩石压住才行。出了迷宫，终于到达精灵联盟，在PC屋恢复体力之后，向四天王进军吧！注意，一旦踏进大门，就不能出来恢复体力了，所以建议多带一些恢复药之类的，当然，等级够高的话是不成问题的。不过如果你没有50级以上的实力，就关机重来吧，好好练级，等到实力大增，再去挑战。打败四天王后，就要和小茂进行最后一场冠军争夺战了。经过一阵天昏地暗的拼杀，终于打败了小茂。这时大木博士赶来，宣布我成为了新的冠军，并带我进入口袋殿堂，记录我所使用的精灵，之后就是大结局。
精灵联盟训练家列表：
天王1
lv52 白海狮
lv52 呆河马
lv54 乘龙
lv54 迷唇姐
lv51 铁甲贝
天王2
lv51 大岩蛇
lv53 艾比郎
lv56 怪力
lv53 沙瓦郎
lv54 大岩蛇
天王3
lv54 耿鬼
lv54 大嘴蝠
lv56 阿柏怪
lv58 耿鬼
lv53 鬼斯通
天王4
lv56 暴鲤龙
lv58化石翼龙
lv54 哈克龙
lv54 哈克龙
lv60 快龙
小茂
lv59 比雕
lv59铁甲暴龙
lv57 胡地
lv61 ?
lv59 ?
lv63 ?
后三只精灵会因应我方开始选择的精灵而出现影响
开始选：
a.小火龙 b.杰尼龟 c.妙娃种子 的话，小茂后三只就会分别对应是：
a.风速狗,椰蛋树,水箭龟
b.暴鲤龙,风速犬,妙娃花
c.椰蛋树,暴鲤龙,喷火龙
前三只则不变
支线剧情（新增剧情）：
打败第7个道馆的首领后，出道馆时会有一个人叫住你，要带你去一个岛屿……选定是后，他就会带你上船，然后去一个岛屿（记得带上会冲浪的精灵）。下船后来到PC屋里被告知岛上的电力出现问题，需要两块宝石来修复，所以现在是不能使用电脑的。
1号岛：在北部看见一个山洞，洞内有温泉，泡温泉可以恢复精灵的体力，而且上面的那个老爷爷还会给你6号秘传机器（碎石）。出来后继续往北走，发现一座山。走到山顶，出乎意料，山顶居然有一只火焰鸟（Lv50）！收复它然后回到1号岛的 PC恢复，接着坐船到2号岛。
2号岛：到了2号岛，发现一座特殊的房子（如图），进去之后有事件发生，主人家的小孩去3号岛采集至今未归家所以请求你帮助寻找。在这所特殊的房子左边的那个房子里，可以让精灵学习以前的招式，条件是两个小香菇，一个大香菇（可以从派拉斯身上获得），就和以前心灵鳞片一样。另外这个小岛的山顶上有个人可以教给精灵三种厉害的招式，别错过（只有主角精灵能学）。然后再坐船去3号岛。
3号岛：到了3号岛，看到单车党，单车党与居民发生冲突，后来与单车党交手。解决他们之后，居民为了答谢，送给我礼物！再往西北边走，看见一片树林，在树林里找到了小女孩，突然这时有一只Lv30的素利普跳了出来，打败它之后救出小女孩。把小女孩送回她家。他爸爸为表感谢，送了件礼物给我！再回到 1号岛的大型PC里最后被人送回了红莲岛。
通关一遍，抓住超过60种精灵，然后去博士那里升级成386版图鉴，之后到港口坐船去第一个小岛的火焰山，右边有两个火箭队队员，打败他们进入山洞，在山洞中要使用秘传机04怪力推石头后才能到达深处，得到红宝石。回去在1号岛的PC把宝石给博士（如图），便得到船票，之后可以坐船去7个岛。
4号岛：在4号岛一下船就会遇见对手小茂，但说了几句就跑了……值得注意的是，在这个小岛可以养精灵（如图）^_^然后到商店旁边的屋子和里面的人对话，再用冲浪过右面的一个小湖，来到一个冰洞。注意，洞内有些地方需要踩冰，踩两次就会掉到下一层。另外还有滑冰，要利用冰块上的石头转换方向。洞里可以拿到秘传机器07（登瀑布），有个地方要使用登瀑布进去，之后可以遇见四天王之一—冰天王，旁边还有火箭队的人，与其谈话后会发生战斗，赢后会告诉你口令。得到冰天王的感谢后回到坐船那里，出发去5号岛。
5号岛：到达5号岛之后到左上方那里使用冲浪，下水后往左走，登陆之后和如图这个阿伯对话，他会给你一颗蛋（孵化出No.175波克比）。继续前进会到达一个小岛，上面有山洞，洞里边墙四面有洞，是个迷宫，迷宫可以拿5样东西!走法如下（每次都要回到门口才行）：
第1个道具：右-下
第2个道具：右-上-下-上
第3个道具：右-上-下-下-右-右
第4个道具：右-上-下-下-右-左-下-左
第5个道具：右-上-下-下-右-左-下-右-上
走到第5个时会遇到一个女孩，然后把你带回家，发生谈话。之后来到如图地方，和这个人说话，别忘记拿走下面的道具。然后回到岛上坐船去6号岛。
6号岛：到了6号岛，进入PC，就看见小茂。和岛上的人谈话得知，在小岛南面有一扇门无法打开，于是就来到门前。调查那扇门，会出现象形文字（如图），经过研究，知道可以用斩树使门打开。进门后，在最深处找到一块蓝宝石，这时候火箭队一研究员冲过来，把它抢走了……
为了追踪蓝宝石，于是返回5号岛。这时候就可以进入火箭队的研究所（如图），打败研究员后就可以夺回蓝宝石。过后带着蓝宝石回到1号岛的PC屋，将之交给博士。博士就会把通讯机器修理好，现在就可以和宝石版以及NGC的竞技场通讯了……剧情进行到这里，就可以进入超梦山洞了，不过先别着急，还是先坐船到7号岛。
7号岛：到达之后往上走，用冲浪，再往上走，上岸之后来到战斗塔。打过4层之后到顶和这个人对话，中途可以回到1层加血。南面的遗迹里可以捉到No.201安侬。
最后回到华蓝市，在左边山洞口挡路的人已经让开了，进入最深处捕捉超梦吧，有Lv70哦^_^
要到8、9号岛，一定需要神秘船票。或者输入金手指代码02031CF0:3a02，9号岛的；02031CF0:0002，8号岛的。两条金手指分别输入，切记，到达后一定要关闭金手指！
8号岛：这个小岛上有个山洞，沿着山洞的路进去，直到看到一分岔口。往左走，上楼梯，就可以看到一只凤凰（Lv70）；往右走，下楼梯，就可以看到一只洛奇亚（Lv70）。
9号岛：这个小岛除了一个谜题之外就没有任何东西了。你需要做的就是调查那个三角形样的东西，直到它变成红色，这个过程需要最短路程完成，否则就要重新开始。只要你走过去，碰最靠近你的那一边，就可以很容易地完成。当它变成红色的时候，小岛就会摇晃，No.386就会出现，收复它吧^_^
主线剧情：
“喂，小孩，小心草丛！”这个声音的主人是大木博士。
正当少年R要独自出村，博士把他叫住了，并告知草丛里栖息着着野生的精灵，除非上边带着自己的精灵，不然会很危险……然后将少年带到了他的研究所。
故事就这么拉开了序幕，玩家所扮演的角色就是名叫R的少年(当然你也可以自己取名字),住在真新镇（マサラ）。随着博士到达研究所，同时遇上了博士的孙子，名字叫小茂的少年(当然也可以自己取名字，就起你的仇人的名字吧)。博士让你在他所拥有的三只精灵中任选一只相赠（三只精灵分别为：小火龙、杰尼龟、和妙蛙种子，均能有两次进化），选个你喜欢的吧。挑好后，小茂也选了一只（在属性上克你的），并向我提出挑战。作为开盘战，不是很难，就当先试试战斗系统吧。而后他离开，但这只是开场白，以后他有的烦你了。
辞别了博士，可以离镇了。果然如博士所言，草丛里确实藏有不少精灵，好好练一下级吧。很快便来到了常磐市（トキヮ），在商店里，从店主手里得到邮件。连忙赶回研究所将它交给博士，博士就会给你图鉴，于是菜单中多出一项图鉴，这意味着可以开始着手收集精灵的工作了。顺便再去一趟邻居小茂的家，拿到小镇地图（注意：此时不拿的话，以后就再不能拿了），可以正式出发了。
一路向北行进，一间大屋挡住了去路，只有通过常青森林才能找到出路。在森林里会首次遇上精灵训练师这种身份的人，而与之交战是可以得到经验值和金钱，而且精灵通过获取经验值才能升级和进化，所以千万不要错过。另外，这个森林有皮卡丘，喜欢的朋友就更不能错过哦^_^
走出了森林，发现已来到了日比市（ニビ）。这里建有一座博物馆，只要花50元就可以进去大开眼界一番。另外还有一间屋子标有GYM的记号，这就是道馆（道馆地图如图）。这里是训练家小刚，进去打败他，得到徽章的同时还得到34号技能机以示鼓励。之后和这个人（如图）说话，会给你跑鞋（按B可快跑）。此时市右的道路可以通行了，来到观月山下。洞门口有一间PC内会遇上一个卖鲤鱼王的，虽然以后可以通过其他方法得到，但人养的要比野生的长得快，但要多花500元，这是传说中的鲤鱼王，当前素质极差，攻击力不过10，但至20级后进化为暴鲤龙，攻击力非常强。
来至洞内，一方面战斗，一方面前进，虽有点累但收获不小。途中所得各宝物中有一个名为月之石的道具，能使某些精灵立即进化。在打败这里的考古学家后，他会让你从他身后两块古代物种化石（左面是镰刀盔，右面是菊石兽）中选一块。出了山洞，便是华蓝市（ハナダ）。不出所料，第二位首领小霞在此，上门去好好请教一番吧，打败后得到蓝色徽章（道馆地图如图）。市里开有一间自行车商店，不过绝对是买不起的，自行车得到的方法下文有述。沿着华蓝市一路北上，遇到了久违的小茂，不免又要“大动干戈”一番。这一路上还有许多训练师，打败他们后可以得到不少的经验值。过桥后来到海角的小屋（みさきのこゃ），见到了变成成怪物模样的正辉（マサキ）。交谈中得知他已造好一架机器来使他恢复人形。答应帮助他后（在电脑上按一下A），正辉成功地恢复人形走了出来。为表感谢，他送给你一张船票（很重要的道具），离开后回到华蓝市（ハナダ），发现右面屋门口的警卫让开了路，进去一看，屋内是一片狼籍。询问了主人后得知有一人来捣乱，而且又打破了墙逃走了。穿过那个墙洞，在屋后发现了一个形迹可疑的人，未谈几句就露出了真面目，于是教训了他，并从他身上“搜”出了28号技能机器。一路往南看到了两间屋子，不过通往黄金市（ャマブキ）的路已被封锁，只能向下走，途经一饲育屋，里面有人帮你照顾精灵，但是不能繁殖……穿过右面的隧道，再经过一大片草地，到达枯叶村（クチバ）。村里某间屋内可得到对换券（ひきかぇけん），若回到华蓝市，向自行车店老板出示的话，会得到一部崭新的自行车，这样走路就省力多了。而村里另一间屋内则会得到钓杆，作用不用多说，使用方法则是现对水域使用道具“钓杆”。村里有一个港口，这下船票可以派上用场了。出示船票后来到一条豪华的游船上。船舱内的旅客有相当数量是精灵训练师，小心应付。如精灵的体力不足，可在入口右边数起第二个房间里恢复体力，另外在厨房的垃圾筒里可以找到三颗果实。在船长室门前的通道内再次碰到小茂，战斗结束后再去找船长。耐心听完他一番话后，很高兴地把他珍藏已久的01号秘传机器（切树）交给我。离开船上岸，船起航了。将此秘传机器给精灵装备上，便拥有了切树的能力。还记得村里有间GYM屋么，现在可以进去了。调查里面的垃圾筒，连续两个不同声音，就能把门的开关打开。这里的首领是用雷电系的精灵，打败他就得到徽章（道馆地图如图）。由于拥有切树能力，可去的地方很多。先去村右的地鼠山洞（ディグダのあな），穿过山洞发现有一小屋，若目前精灵图鉴拥有种类已达10种，便可从屋内人处得到05号密传机器（闪光）。再回到华蓝市，往右走，一路经过9号，10号路来到岩间隧道（イワャマトンネル）。洞内一片漆黑，那就来光吧。使用闪光，果然一片光明，视野也开阔多了，略费周折就可以出洞，到了紫苑镇。村民为悼念亡灵建造了一座ポケモン塔，现在由于无法使阻路的精灵现形，所以建议先不要急着上去。从西面离开紫苑镇，在8号路发现了另一条地道（ちかつぅろ），并且通往玉虫市（タマムシ）。沿地道到达该市，此处有一间百货公司，可以购得许多重要道具，切记到楼顶去买饮料！三种都买，然后跟顶楼的人讲话，就会给你三不同的种技能机。另外注意一下百货大楼旁边的大厦，这栋大厦有后门，走后门进去到顶层可拿到NO.133伊布，使用水之石，雷之石，炎之石可以分别进化成三种精灵。拿到伊布后，再从前门进去，和里面的一位老奶奶对话，她就会给你一杯茶（非拿不可，否则剧情无法进行）。在PC下方的一间餐店，进去后和一个客人对话可以得到硬币盒，用于存放游戏代币，才可以到游戏中心玩小游戏。进入游戏中心，在柜台旁看到一名正在看墙上的画的精灵训练师。过去和他对话，就会发生战斗，打败他，他会逃跑。调查墙上那幅画，发现是个隐密的机关，开动后出现了一条通往地下的阶梯。顺着阶梯而下，打败多位训练师，最后在地下4层打败一位精灵训练师后再仔细盘问他，会乖乖地交出一把电梯钥匙（ェレベ—タのカギ）。来到电梯内，选择目的地地下4楼，出来后打败门卫，就见到了头目。一番较量之后，他会交出透视眼镜（シルフスコ—プ）。从秘密基地出来后，到GYM去挑战第4位首领吧（道馆地图如图）。这里的训练师用草系精灵，打败首领后得到徽章。之后赶快回紫苑镇，上精灵塔（ポケモン），在塔2楼又遇到了你的对手小茂，他又向你挑战……五楼有个可让精灵恢复体力的地方, 由于有了透视眼镜，楼顶的那个神秘的精灵就无所遁形，原来是嘎拉嘎拉（Lv30）。打败它之后救出一老人，与其交谈后回到他家中，为了答谢，会给你笛子（ポケモンのふえ），可唤醒沉睡的NO.143卡比兽(只有两只)。不过笛子也可以在精灵战斗中被催眠时使用，可唤醒它们。离开紫苑镇向南走，一只贪睡的卡比兽躺在地上挡住去路，用笛子去吹醒它，这下它醒了，可也生气了，免不了乱斗一阵，顺便也收复它吧。
之后在路上一小屋内又得到一支好钓杆（すごぃっりざわ），比以前那把好用多了。一路来到石竹市（セキチク），第5位首领在此“恭侯多时”了。另外在GYM屋内有一个看不见的结界，只有沿紧靠右墙的路从他背后绕过去才能与之交战（道馆地图如图，已把看不见的墙标出）。如果拥有的ポケモン数量已达 50种，则可去市外屋内二楼，会得到一宝物学习装置（かくしゅうそうち）。另外这里有狩猎场，花500块钱买入30个狩猎球（サファリボ－ル）去狩猎吧（600步限制）。这里的怪物都不错，值得一提的是水池里的迷你龙（ミニリェウ）别看现在弱得像“傻瓜”，待两次进化后包管你大吃一惊，绝对值得培养。还有不少其他精灵，是别处绝对没有的，用心捕捉，捕捉时共4项指令，其中エサ是喂饵，ぃし是拿石头砸，对不同怪物必须采取不同手段才能顺利捕到（例如迷你龙就得先喂一次饵再捕捉，包管手到擒来）。在狩猎区内找到一副金假牙（きんのぃれぼ），出来后把他交给PC右侧屋内的老爷爷，他会很感激地把04号秘传机器（かぃりき）交给你（作用：推动巨石），另外还能在狩猎场里拿到03号秘传机器（なみのり：冲浪）。在拿秘传机器04的屋子旁边那个屋子，可得到超级钓竿。
打败这里的道馆首领后回到玉虫市，往左走，唤醒卡比兽，将上方的树斩了，到左上角屋内可得02号密传机器（そらをとぶ），只有飞行系能装备（能去曾经去过的城市）。另外如果有30种PM，在此关卡2楼，可以得到守卫饭（战斗后得到多一些金钱）。往右出市，经过关卡，警卫说口渴想喝茶，于是将茶（从老奶奶手中得到的）交给警卫，这下他放行了，于是来到黄金市。和人们的谈话得知，这个城市已经被火箭队占领……市里有一座高11层的大厦，那里就是火箭队的基地。这幢大厦有很多传送装置，还有紧闭的门。利用那些传送装置，在5楼会找可以打开那些门到钥匙卡（カ－ドキ－）。在9楼左下方有个人会帮精灵恢复体力，这样就不用跑去PC屋了。最后在3楼的一个传送点，传送到7楼，再次与小茂交手，之后和旁边一个人对话，得到乘龙（Lv25）。再经过一个传送点，在楼顶见到火箭队的头目并与之交手，之后与屋内人交谈，可得大师球（マスタボ—ル）。出了大厦，第6个GYM门前已无人阻挡，这个道馆的首领用的是超能系，打败她同样得到徽章(道馆地图如图)。在GYM旁边还有另一间道馆，不过是假冒的，若有兴趣打败里面的首领，可以在两个格斗系的口袋妖怪中任选一个，左边是沙瓦郎，右边是艾比郎。
再次回到石竹市，从市南下水，一直游到双子岛，穿过岛上山洞。洞内机关须用精灵能力推动岩石（装备秘传机器04），使之落到最下层，等到2块都落下并阻住水流，就可以出洞了。另外洞内最深处还有一只急冻鸟，动一番脑筋争取捉到它！从山洞出来，继续往左游至红莲岛，第7位首领就在此。岛内的研究所，可将以前获得的化石（カセキ）或琥珀（コハク）交给一位科学家，他就会通过一系列高科技技术提取细胞培育出已经绝种的精灵，其中化石培育出的可进化。这里的GYM屋被锁上了，还是先去屋左的楼内找钥匙吧。那些雕像是用来控制门的开关的，反复摆弄，终于把钥匙弄到手了，可以进GYM屋了（道馆地图如图）。打败首领卡拉，得到徽章。刚迈出道馆大门，就被一个人叫住，然后被带到一艘船上，来到一个小岛（橘子群岛）。下转支线剧情攻略。
现在只剩下常磐道馆了，就回常磐市吧。现在可以有两个选择，一是从红莲岛出发，往北走水路回真新镇，再到常磐市；二是直接用飞行秘籍回去。至于哪个，随便选择。回到常磐市，进去GYM屋，首领就是火箭队的头目！不过这次他及其属下的实力确有提高，不可掉以轻心（道馆地图如图，未标出首领）。打败后别忘了再次交谈，而后他就……消失了？！
至此，已经打败了全部八位首领，但还不算完。从常磐市出发向西北方的精灵联盟（セカエイ）走，路上会遇上对手小茂，但他现在已不是我的对手了，轻松解决，嘻嘻。
到达宫殿后，向各卫兵依次亮出自己苦心战斗才获得的各枚徽章之后来到迷宫内。机关同样要推动岩石压住才行。出了迷宫，终于到达精灵联盟，在PC屋恢复体力之后，向四天王进军吧！注意，一旦踏进大门，就不能出来恢复体力了，所以建议多带一些恢复药之类的，当然，等级够高的话是不成问题的。不过如果你没有50级以上的实力，就关机重来吧，好好练级，等到实力大增，再去挑战。打败四天王后，就要和小茂进行最后一场冠军争夺战了。经过一阵天昏地暗的拼杀，终于打败了小茂。这时大木博士赶来，宣布我成为了新的冠军，并带我进入口袋殿堂，记录我所使用的精灵，之后就是大结局。
精灵联盟训练家列表：
天王1
lv52 白海狮
lv52 呆河马
lv54 乘龙
lv54 迷唇姐
lv51 铁甲贝
天王2
lv51 大岩蛇
lv53 艾比郎
lv56 怪力
lv53 沙瓦郎
lv54 大岩蛇
天王3
lv54 耿鬼
lv54 大嘴蝠
lv56 阿柏怪
lv58 耿鬼
lv53 鬼斯通
天王4
lv56 暴鲤龙
lv58化石翼龙
lv54 哈克龙
lv54 哈克龙
lv60 快龙
小茂
lv59 比雕
lv59铁甲暴龙
lv57 胡地
lv61 ?
lv59 ?
lv63 ?
后三只精灵会因应我方开始选择的精灵而出现影响
开始选：
a.小火龙 b.杰尼龟 c.妙娃种子 的话，小茂后三只就会分别对应是：
a.风速狗,椰蛋树,水箭龟
b.暴鲤龙,风速犬,妙娃花
c.椰蛋树,暴鲤龙,喷火龙
前三只则不变
支线剧情（新增剧情）：
打败第7个道馆的首领后，出道馆时会有一个人叫住你，要带你去一个岛屿……选定是后，他就会带你上船，然后去一个岛屿（记得带上会冲浪的精灵）。下船后来到PC屋里被告知岛上的电力出现问题，需要两块宝石来修复，所以现在是不能使用电脑的。
1号岛：在北部看见一个山洞，洞内有温泉，泡温泉可以恢复精灵的体力，而且上面的那个老爷爷还会给你6号秘传机器（碎石）。出来后继续往北走，发现一座山。走到山顶，出乎意料，山顶居然有一只火焰鸟（Lv50）！收复它然后回到1号岛的 PC恢复，接着坐船到2号岛。
2号岛：到了2号岛，发现一座特殊的房子（如图），进去之后有事件发生，主人家的小孩去3号岛采集至今未归家所以请求你帮助寻找。在这所特殊的房子左边的那个房子里，可以让精灵学习以前的招式，条件是两个小香菇，一个大香菇（可以从派拉斯身上获得），就和以前心灵鳞片一样。另外这个小岛的山顶上有个人可以教给精灵三种厉害的招式，别错过（只有主角精灵能学）。然后再坐船去3号岛。
3号岛：到了3号岛，看到单车党，单车党与居民发生冲突，后来与单车党交手。解决他们之后，居民为了答谢，送给我礼物！再往西北边走，看见一片树林，在树林里找到了小女孩，突然这时有一只Lv30的素利普跳了出来，打败它之后救出小女孩。把小女孩送回她家。他爸爸为表感谢，送了件礼物给我！再回到 1号岛的大型PC里最后被人送回了红莲岛。
通关一遍，抓住超过60种精灵，然后去博士那里升级成386版图鉴，之后到港口坐船去第一个小岛的火焰山，右边有两个火箭队队员，打败他们进入山洞，在山洞中要使用秘传机04怪力推石头后才能到达深处，得到红宝石。回去在1号岛的PC把宝石给博士（如图），便得到船票，之后可以坐船去7个岛。
4号岛：在4号岛一下船就会遇见对手小茂，但说了几句就跑了……值得注意的是，在这个小岛可以养精灵（如图）^_^然后到商店旁边的屋子和里面的人对话，再用冲浪过右面的一个小湖，来到一个冰洞。注意，洞内有些地方需要踩冰，踩两次就会掉到下一层。另外还有滑冰，要利用冰块上的石头转换方向。洞里可以拿到秘传机器07（登瀑布），有个地方要使用登瀑布进去，之后可以遇见四天王之一—冰天王，旁边还有火箭队的人，与其谈话后会发生战斗，赢后会告诉你口令。得到冰天王的感谢后回到坐船那里，出发去5号岛。
5号岛：到达5号岛之后到左上方那里使用冲浪，下水后往左走，登陆之后和如图这个阿伯对话，他会给你一颗蛋（孵化出No.175波克比）。继续前进会到达一个小岛，上面有山洞，洞里边墙四面有洞，是个迷宫，迷宫可以拿5样东西!走法如下（每次都要回到门口才行）：
第1个道具：右-下
第2个道具：右-上-下-上
第3个道具：右-上-下-下-右-右
第4个道具：右-上-下-下-右-左-下-左
第5个道具：右-上-下-下-右-左-下-右-上
走到第5个时会遇到一个女孩，然后把你带回家，发生谈话。之后来到如图地方，和这个人说话，别忘记拿走下面的道具。然后回到岛上坐船去6号岛。
6号岛：到了6号岛，进入PC，就看见小茂。和岛上的人谈话得知，在小岛南面有一扇门无法打开，于是就来到门前。调查那扇门，会出现象形文字（如图），经过研究，知道可以用斩树使门打开。进门后，在最深处找到一块蓝宝石，这时候火箭队一研究员冲过来，把它抢走了……
为了追踪蓝宝石，于是返回5号岛。这时候就可以进入火箭队的研究所（如图），打败研究员后就可以夺回蓝宝石。过后带着蓝宝石回到1号岛的PC屋，将之交给博士。博士就会把通讯机器修理好，现在就可以和宝石版以及NGC的竞技场通讯了……剧情进行到这里，就可以进入超梦山洞了，不过先别着急，还是先坐船到7号岛。
7号岛：到达之后往上走，用冲浪，再往上走，上岸之后来到战斗塔。打过4层之后到顶和这个人对话，中途可以回到1层加血。南面的遗迹里可以捉到No.201安侬。
最后回到华蓝市，在左边山洞口挡路的人已经让开了，进入最深处捕捉超梦吧，有Lv70哦^_^
要到8、9号岛，一定需要神秘船票。或者输入金手指代码02031CF0:3a02，9号岛的；02031CF0:0002，8号岛的。两条金手指分别输入，切记，到达后一定要关闭金手指！
8号岛：这个小岛上有个山洞，沿着山洞的路进去，直到看到一分岔口。往左走，上楼梯，就可以看到一只凤凰（Lv70）；往右走，下楼梯，就可以看到一只洛奇亚（Lv70）。
9号岛：这个小岛除了一个谜题之外就没有任何东西了。你需要做的就是调查那个三角形样的东西，直到它变成红色，这个过程需要最短路程完成，否则就要重新开始。只要你走过去，碰最靠近你的那一边，就可以很容易地完成。当它变成红色的时候，小岛就会摇晃，No.386就会出现，收复它吧^_^
叶绿386全精灵捕捉地点
NO.001妙蛙种子:在常磐森林遇到
NO.002妙蛙草:由NO.001在16级时进化而成
NO.003妙蛙花:由NO.002在32级时进化而成
NO.004小火龙:在华蓝市左方的草地里遇到
NO.005火恐龙:由NO.004在16级时进化而成
NO.006喷火龙:由NO.005在36级时进化而成
NO.007杰尼龟:在真新镇上方的草地遇得几率偏低
NO.008卡咪龟:由NO.007在16级时进化而成
NO.009水箭龟:由NO.008在36级时进化而成
NO.010绿毛虫:在常磐森林遇得,或在华蓝市上方遇得
NO.011铁甲硧:同NO.010,或由O.10在7级时进化而来
NO.012巴大蝴:由NO.011在10级时进化而来
NO.013独角虫:同NO.010
NO.014:铁壳昆:在华蓝市上方遇得或由NO.013在7级时进化而来
NO.015大针蜂:由NO.014在10级时进化而来
NO.016波波:地图大部分区域都有
NO.017比比鸟:浅红市右边和岛3有,或由NO016在16级时进化而成.
NO.018比雕:由NO.017在36级时进化而来
NO.019小拉达:地图大部分地方都有
NO.020拉达:自行车道草地里,或由NO.19在20级时进化而成
NO.021烈雀:地图大部分地方都有
NO.022大嘴雀:自行车道草地里,通往冠军之路的通道,或由NO.021在20级时进化而成
NO.023阿柏蛇:华蓝市左右边,枯叶市右边草地都有
NO.024阿柏怪:冠军之路,或由NO23在22级进化而成
NO.025皮卡丘:常磐森林,无人发电站
NO.026雷丘:对NO25使用雷电石进化而成
NO.027穿山鼠在华蓝市右边草地里遇得
NO.028穿山王:冠军之路,或由NO.027在22级时进化而成
NO.029尼多兰母::尼比市右边,狩猎区
NO.030尼多娜:狩猎区,或由NO.029在16级时进化而成
NO.031尼多后:对NO.030使用月之石后进化而成
NO.032尼多兰公:同NO.029
NO.033尼多卡诺:同NO.030
NO.034尼多王:对NO.033使用月之石后进化而成
NO.035皮皮:月见山遇得
NO.036皮可西:对NO.035使用月之石后进化而成
NO.037六尾:在红莲岛上的建筑物里遇得
NO.038九尾：对No.037使用火之石后进化而来
NO.039胖丁:在尼比市右边的草地里
NO.040胖可丁:对NO.039使用月之石后进化而来
NO.041超音蝠:大部分洞穴里都有
NO.042大嘴蝠:冠军之路,超梦洞穴,双子岛上都有,或由NO.041在22级时进化而来
NO.043走路草:大部分草地都有
NO.044臭臭花:浅红市右边的草地都有,或由NO.043在21级时进化而来
NO.045霸王花:对NO.044使用草叶石后进化而来
NO.046派拉斯:月见山,狩猎区里都有
NO.047派拉斯特:超梦山洞,狩猎区,或由NO.046在24级时进化而成
NO.048毛球:狩猎区,浅红市右边草地都有
NO.049末入蛾:狩猎区,岛3森林里都有,或由NO48在31级时进化而来
NO.050地鼠:地鼠山洞有
NO.051三地鼠:地鼠山洞有,或由NO.050在26级时进化而成
NO.052喵喵:金黄市四个方向的草地都有,或在新岛抓
NO.053猫老大:每个新岛都有,或由NO.052在28级时进化而来
NO.054可达鸭:大部分水域都有用钓竿
NO.055哥达鸭:超梦山洞海面上遇敌,或由NO.54在33级时进化而来
NO.056猴怪:常磐市到冠军之路上都有
NO.057火爆猴:冠军之路,或由NO.056在28级时进化而成
NO.058卡蒂狗:金黄市左右草地都有,或在红莲岛的建筑物里抓
NO.059风速狗:对NO.058使用火之石后进化而成
NO.060蚊香蝌蚪:大部分水域都可以钓到,推荐通往冠军之路的通道上的水域中级或以上钓竿
NO.061蚊香蛙:通往冠军之路的通道上的水域可以钓的中级或以上钓竿或由NO.060在25级时进化而成
NO.062快泳蛙:对NO.061使用水之石后进化而来
NO.063凯西:在华蓝市上方的草地里
NO.064勇吉拉:超梦山洞,或由NO.063在16级时进化而来
NO.065胡地:由064进化而成
NO.066腕力:黑暗山洞,冠军之路遇得
NO.067豪力:冠军之路,超梦山洞,或由NO066在28级时进化而成
NO.068怪力:由067进化而成
NO.069喇叭芽:在金黄市上方养育院上方草地里遇得
NO.070口呆花:在紫苑镇向下走,有两块被树木挡住的草地,劈断树木后在草地可遇得,或由NO069在21级时进化而成
NO.071大食花:对NO.071使用草叶石后进化而成
NO.072玛瑙水母:所有的海面上都可以遇到
NO.073毒刺水母:在岛1海面上钓得,或由NO.72在30级时进化而成
NO.074小拳石:月见山,超梦山洞,黑暗山洞,冠军之路都能遇得
NO.075隆隆石:超梦山洞,黑暗山洞,冠军之路都可以遇得,或由NO.074在25级时进化而来
NO.076隆隆岩:由NO.075进化而来
NO.077小火马:岛1上方草地里
NO.078烈焰马:同NO.077,或由NO.077在40级时进化而来
NO.079呆呆兽:在通往超梦山洞的水上钓得
NO.080呆河马:同NO.079,或由O.079在37级时进化而来
NO.081小磁怪:在无人发电站遇得
NO.082三合一磁怪:无人发电站,超梦山洞,或由NO.081在30级时进化而来
NO.083大葱鸭:狩猎区遇得
NO.084嘟嘟:自行车道草地或狩猎区里遇得
NO.085嘟嘟利:NO.084在31级时进化而成
NO.086小海狮:在双子岛和岛4的冰冻里遇得
NO.087白海狮:同NO.086,或由NO.086在34级时进化而成
NO.088臭泥:在彩虹市中间池塘里遇敌,或在红莲岛的建筑物里遇得
NO.089臭臭泥:由NO.087在38级时进化而成
NO.090大舌贝:红莲岛,真新镇的海面都可以钓到
NO.091鉄甲贝:对NO90使用水之石后进化而成
NO.092鬼斯:在幽灵塔遇得最高64级!汗!在岛5上方山洞遇得
NO.093鬼斯通:同NO.092,或由NO.092在25级时进化而成
NO.094狄鬼:由NO093进化而成
NO.095大岩蛇:黑暗山洞,冠军之路遇得
NO.096素利普:枯叶市右边草丛里遇得
NO.097素利柏:在解救岛3小女孩时可遇见它,然后GET它或由O.096在26级时进化而成
NO.098大钳蟹:浅红市下方海域钓得
NO.099巨钳蟹:由NO.098在28级时进化而成
NO.100雷电球:无人发电厂和上方的草地
NO.101顽皮弹:超梦山洞,或由NO.100在30级时进化而成
NO.102蛋蛋:狩猎区遇得
NO.103椰蛋树:对NO.102使用草叶石后进化而成
NO.104可拉可拉:幽灵塔遇得
NO.105嘎拉嘎拉:冠军之路
NO.106沙瓦郎:与金黄市格斗馆头目战斗后,可以在NO.106与107中选一个
NO.107艾比郎:同NO.106
NO.108大舌头:狩猎区遇得
NO.109瓦斯弹:在红莲岛的建筑物里
NO.110双弹瓦斯:同NO109,或由NO.109在35级时进化而成
NO.111鉄甲犀牛:狩猎区遇得
NO.112鉄甲暴龙:由NO.111在42级时进化而成
NO.113吉利蛋:狩猎区遇得
NO.114蔓藤怪:真新镇下方草地需冲浪
NO.115袋龙:狩猎区遇得
NO.116墨海马:全水域都可钓得
NO.117海刺龙:浅红市到真新镇,岛1的海域都可钓得,或由NO.116在32级时进化而成
NO.118角金鱼:大部分水域都可钓得
NO.119金鱼王:狩猎区,浅红市可钓得,或由NO.118在33级时进化而成
NO.120海星星:红莲岛附近海域可钓得
NO.121寳石海星:对NO.120使用水之石后进化而来
NO.122吸盘魔偶:与地鼠山洞出来后房子里的男孩用凯西交换得到
NO.123飞天螳螂:狩猎区可遇得
NO.124迷唇姐:双子岛可遇得
NO.125电击兽:无人发电厂可遇得
NO.126鸭嘴火龙:火焰山得草地里
NO.127大甲:狩猎区可遇得
NO.128肯泰罗:狩猎区可遇得
NO.129鲤鱼王:所有水域都可钓得
NO.130暴鲤龙:任何水域用高级鱼杆钓得,或由NO.129在20级时进化而来
NO.131乘龙:西鲁夫公司员工给的
NO.132百变怪:浅红市右边草地,超梦山洞
NO.133依布:狩猎区可遇得
NO.134水精灵:对NO.133使用水之石后进化而成
NO.135雷精灵:对NO.133使用雷电石后进化而成
NO.136火精灵:对NO.133使用火焰石后进化而成
NO.137三D龙:无人发电站可遇得
NO.138菊石兽:冠军之路可遇得
NO.139菊石多刺:由NO.138在40级时进化而成
NO.140化石盔:冠军之路可遇得
NO.141镰刀盔:由NO.140在40级时进化而成
NO.142化石翼龙:冠军之路可遇得
NO.143卡比兽:紫苑镇下方,彩虹市西方,用精灵
去巴士上找...叶绿攻略
回答者： 猪猪董事长 - 助理 四级 2009-10-24 17:15
主线剧情：
“喂，小孩，小心草丛！”这个声音的主人是大木博士。
正当少年R要独自出村，博士把他叫住了，并告知草丛里栖息着着野生的精灵，除非上边带着自己的精灵，不然会很危险……然后将少年带到了他的研究所。
故事就这么拉开了序幕，玩家所扮演的角色就是名叫R的少年(当然你也可以自己取名字),住在真新镇（マサラ）。随着博士到达研究所，同时遇上了博士的孙子，名字叫小茂的少年(当然也可以自己取名字，就起你的仇人的名字吧)。博士让你在他所拥有的三只精灵中任选一只相赠（三只精灵分别为：小火龙、杰尼龟、和妙蛙种子，均能有两次进化），选个你喜欢的吧。挑好后，小茂也选了一只（在属性上克你的），并向我提出挑战。作为开盘战，不是很难，就当先试试战斗系统吧。而后他离开，但这只是
内容全部来源于网络收集，如有侵权，请联系网站删除：QQ：24596024