我们是一家货代公司，委托一个集装箱车队运货，卡车司机填错设备交接单，造成货物发错港，车队有责任吗？

你说的不够详细。
如果是司机报箱号给你们，导致你们按颠倒后的箱号分别报关、制做舱单，就需要保留司机报箱号的书面证据，然后向车队追索责任。一般来说，车队要承担一半以上的费用，如果总费用不高的话，就由车队全部承担。
但还有一种情况，就基本上由货代来承担责任了。一般来说，设备交接单必须跟装箱单（派车单）订在一起，设备交接单上的箱号是由车队在堆场提空箱时，由司机跟堆场箱管共同填写的，装箱单的箱号是车队在工厂装完货后，由司机跟工厂相关人员共同填写的，这样就能保证设备交接单的箱号跟装箱单的箱号是对应起来的。不过有些货代在操作过程中，没有把设备交接单跟装箱单订在一起，结果车队在提好空箱A、B后，去A工厂装货，本来应该填写A装箱单的，由于装箱单没有跟设备交接单订在一起，而工厂的人看不懂装箱单上的英文，没法核对船名航次提单号、目的港、品名等，结果就把箱号A填写在B装箱单上了。而另一家B工厂的人也看不懂装箱单上的英文，就把箱号B填写在剩下的A装箱单上。车队在安排集装箱进港时，港区按装箱单上的集装箱号及提单号输入系统，这样集装箱号跟实际要去的港口已经搞反了。在这种情况下，车队没多少责任，货代也无法让车队多承担责任，至多扣下拖车费不付。

1、首先将错的货物尽快纠正过来，需要你们花时间和金钱的；
2、车队是你们的签约合作方的，按照双方签约的错误或违约处理条款，将车队签收的单据（你们写的正确交接单）给对方公司，协调车队公司处理和理赔，让你们公司按照双方合同条款去追究车队公司的责任；
3、车队是你公司自己的车队，自己的贵内部处理（把他们签收的单给领导看，领导自然清楚）；
4、你要写份报告：事件经过、目前处理方式、分析问题点、建议处理方法、今后预防措施，报告要请几位当事签名，报告尽快给上级领导。
5、如果损失大，合作方的车队，你们设法尽快将货物处理好，还要保留证据，咨询律师，双方协商不成，准备起诉追回更大损失。

处理目的港客户投诉是首要的，如果不是同样的货物，客户肯定不能接受，赶紧处理先！
车队是贵司委托，属于人民内部矛盾，需要协商或按照当时合约来理清赔偿。

挺详细啊！这是WOW！