铲除作用是指利用杀菌剂完全抑制或杀死已经发病部位的病菌，阻止已经出现的病害症状进一步扩展，防止病害加重和蔓延。一些植物病原菌主要是寄生在植物表面，如白粉病菌和锈菌。喷施非内吸性的杀菌剂如石硫合剂、硫磺粉、福美双、代森锰锌、醚菌酯等可直接杀死植物表面的病菌，获得铲除作用。一些渗透性较强的杀菌剂如异菌脲、腐霉利等通过对植物发病部位喷施，可以杀死病部病菌，阻止番茄早疫病、烟草赤星病的蔓延。石硫合剂、波尔多液、福美胂等可以用来涂抹用刀刮去病部的果树或林木树干，防治腐烂病。内吸性杀菌剂可以渗透到寄主体内和再分布，杀死或完全抑制寄生在植物病症表面和内部的病菌。例如，喷施多菌灵防治梨黑星病，唑类杀菌剂防治多种叶斑病。嘧菌酯防治瓜类白粉病等。用于表面化学铲除的杀菌剂可以是非内吸性和内吸性杀菌剂，但采用系统化学铲除的策略，使用的杀菌剂必须具备内吸性和选择性。
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